Animatrix on arvostetuimpien anime-ohjaajien luoma yhdistelmä tietokoneanimaatiota ja japanilaista animea. Lyhytelokuvat kertovat ajasta ennen Matrixin tapahtumia, ihmiskunnan viimeisistä kaupungeista, sodasta koneita vastaan ja ihmissuvun kukistumisesta. Elokuvat sisältävät ainutlaatuista taustatietoa Matrixista. On aika kytkeytyä keinotodellisuuteen.
Tutkijat keksivät yllättävän ratkaisun liikakansoitukseen: ihmisten kutistaminen vaaksan mittaisiksi. Norjalaiset tiedemiehet tekevät läpimurron ja ihmiskunta päätetään muuttaa lilliputeiksi 200 vuoden siirtymäajalla. Pian ihmiset huomaavat, miten minimaailmassa pienetkin tulot riittävät helposti hulppeaan elämään. Paremman tulevaisuuden toivossa myös aivan tavallinen mies Paul Safranek ja hänen vaimonsa Audrey päättävät jättää hektisen arkensa Omahassa ja antaa kutistaa itsensä asettuakseen pienoismaailmaan asumaan. Päätös johdattaa heidät elämän mullistaviin seikkailuihin.
Julian Michaels (Bruce Willis) on suunnitellut täydellisimmän lomanviettopaikan - Vice:n, jossa kaikki on mahdollista ja asiakkaat voivat elää ja toteuttaa heidän villeimpiään fantasioitaan. Keinomaailmaa täydentävät asukkaat, jotka näyttävät, ajattelevat ja tuntevat kuten ihmisetkin. Kun eräs keinoihmisistä (Ambyr Childers) tulee tietoiseksi itsestään ja pakenee Vice:stä, hän huomaa olevansa keskellä Julianin palkkatappajien ja poliisin - joka haluaa keinolla millä hyvänsä sulkea Vice:n - välistä taistelua.