고고학자인 스칼릿(페디타 윅스)은 아버지의 뒤를 이어 고대 연금술사 플라멜이 만들었다는 “철학자의 돌”을 찾고 있다. 전설에 따르면 이 유물은 영원한 생명의 길을 알려주는 신비한 돌이다. 곳곳의 유적지를 돌며 고대의 언어를 추적해가던 스칼릿은 파리의 지하에 있는 지하묘지 카타콤에 철학자의 돌이 있다는 사실을 알아낸다. 스칼릿을 비롯해 동료 고고학자 조지, 카메라맨 벤자민, 카타콤의 안내자 파피용, 파피용의 친구 수시, 등반 전문가 제드 등 6명의 일행은 미로 같은 파리의 지하 묘지로 내려가고, 그들은 잊고 싶었던 자신들의 악몽 같은 과거와 마주하게 되는데...

학위를 따기 위해 인간행동을 연구 중인 '엘리자베스'. 영상채팅을 통해 랜덤으로 만난 사람들과 대화를 나누며 연구를 진행하던 그녀는 어느 날 우연히 만난 한 여자의 살해 장면을 목격하고 신고하지만, 경찰에서는 단순한 장난으로 여기며 사건을 무시한다. 그날 이후, 컴퓨터를 해킹당해 연구 기록이 삭제되거나 연인이 실종되고 친구가 자살하는 등 이상한 사건들을 겪게 되는 '엘리자베스'. 혼란에 빠진 그녀는 누군가 자신의 목숨을 노리고 있다는 것을 알게 되는데...