어머니의 갑작스러운 죽음 이후 레베카는 회복을 위해 아버지와 함께 영국에서 예루살렘으로 이사한다. 유령의 계곡이라고 알려진 오래된 집으로 이사한 뒤부터 레베카는 자꾸만 신비로운 사건들에 휘말리게 된다. 신비로운 도시 예루살렘과 오래된 집의 비밀을 파헤치며, 어둠 속에 감춰진 숨은 진실을 밝혀내기 위한 레베카의 여정이 시작된다.

외동딸을 대학에 보낸 클레어(미셸 파이퍼)는 공허한 마음을 주체하지 못한다. 클레어는 1년 전에 자동차 사고를 낸 적이 있으나 그 당시의 상황을 이상하게도 모두 잊고 있다. 그런 클레어이므로 주위 사람들은 그녀가 집안에서 이상한 소리를 들었고 욕조에 비친 한 여자를 봤다고 말하자 불안한 정신 상태 때문이라고 충고한다. 누구도 자신의 말을 귀담아 듣지 않자 클레어는 혼자서라도 문제를 풀기로 결정하지만...

흥행한 환경에 자신하던 재력 있는 시로스 삼촌으로부터 물려받은 신비로운 저택을 통해 아서 크리티코스와 그의 가족은 그곳이 유령을 추적한 경험 많은 고스트 헌터에 의해 가두어진 13개의 폭력적인 영혼으로 이루어진 곳임을 깨닫게 된다. 어두운 유령이 해방되면, 크리티코스 가족은 초자연적 공포의 미로에 갇히게 된다. 싸이킥과 초자연 현상 전문가의 도움을 받아 그들은 이 영지의 비밀을 풀어내어 유령들을 다시 가두어야 한다. 상상할 수 없는 공포에 맞서 싸우며, 그들은 복수와 영원한 해방을 찾는 13개의 유령으로부터 서로를 보호하고 생존하려고 한다.

고등학교에 다니는 소극적인 성격의 ‘나나’는 동생 ‘노리코’와 지하철역에서 우연히 ‘노리코’의 친구 ‘타카시’를 만난다. ‘타카시’는 지하철 역 플랫폼에 떨어져있는 패스를 줍고 검은 옷을 입은 낯선 여자로부터 “이 패스를 주운 자는 죽는다…” 라는 무시무시한 말을 듣게 된다. ‘나나’와 ‘노리코’는 미친 소리일거라며 무시해버리지만 그 날 이후 ‘타카시’는 행적을 감춘다. 그리고 며칠 뒤 ‘나나’의 동생 ‘노리코’도 똑같은 빨간 패스를 주워온다. 한편 ‘나나’와 같은 학교에 다니는 ‘카나에’는 남자친구인 ‘시게루’로부터 지하철에서 주운 팔찌를 선물 받는다. 며칠 뒤, ‘시게루’는 열차에 치어 죽는 끔찍한 사고를 당하고, 팔찌를 낀 ‘카나에’ 역시 죽음의 그림자가 엄습해옴을 느끼는데..

고스트헌터즈의 일원인 헨리는 연쇄 살인범 ‘나이트 스토커’에 의해 사랑하는 아내와 딸을 잃게 된다. 헨리는 고스트헌터즈 동료들과 아내와 딸의 영혼이 평화롭게 잠들 수 있도록 그들의 영혼을 찾아 포획하기로 결정한다. 그러나 고스트헌터즈가 집 안 깊숙이 들어갈수록 유령들은 점점 적대적으로 변하고 만다. 그리고 고스트헌터즈는 마침내 저택과 살인자에 대한 진실을 알게 되는데...

시내 한 모퉁이에 위치한 오래된 영화관. 이곳에서 찍은 사진에 귀신이 찍히고 미스터리한 일이 자주 벌어진다고 한다. 영상동아리 리더 나오키는 부원인 레이코, 이마무라에게 영화관에 가서 귀신을 찍어 동아리를 다시 살려보자고 제안한다. 셋은 카메라를 들고 영화관에 찾아가고, 영화관에서 일했던 이노마타도 찾아가서 사실을 알아내려한다. 우여곡절 끝에 여배우가 사고로 죽었다는 사실을 알아내지만 당시 촬영에 있었던 사람들은 하나 둘씩 죽었고 살아 있는 사람들은 이야기 자체를 꺼려한다. 죽은 여배우는 이노마타와 약혼한 상태였지만 여배우의 외도로 충격을 받은 이노마타가 사고를 가장해 그 녀를 죽였다는 사실을 알아낸다. 이노마타는 자신의 비밀이 들통나자 나오키와 이마무라를 죽이고 레이코에게까지 다가가는데...