Едно ободряващо посещение на Марти и Док в 2015 година като че ли разрешава някои проблеми с бъдещето на семейство Макфлай. Но когато се завръщат в 1985 г. откриват, че някой е злоупотребил с времето и е превърнал дома им, Хил Вали в кошмар. Тяхната единствена надежда е отново да се върнат в 1955 г. и да спасят бъдещето, като променят миналото.

Четири костенурки и плъх попадат на генномодофициращ разтвор, изхвърлен в канал, който ги трансформира и им придава човешки черти. Плъхът става техен наставник и учител, и ги посвещава във нинджичу. Сега костенурките ще трябва да използват новооткритите си умения, в сраженията с престъпноста в Ню Йорк!

Някога сплотеното семейство на костенурките е изправено пред изпитания. След победата над злия нинджа Шрьодер, в семейството на костенурките цари разкол. Старият плъх Сплинтер, по съвместителство учител и наставник на бойните рептилии, е обезпокоен от загадъчните събития, които се случват по улиците на Ню Йорк. Бързо движещи се сенки, странно подреждане на звездите... Индустриалецът Макс Уинтър събира армия от древни чудовища. Защо? За да завладее света, естествено. Градът се нуждае от костенурките както никога досега, но къде са те??? Леонардо е заминал на специално обучение и костенурките са загубени... Но дори и така те могат да възстановят единството и дисциплината си навреме, за Aда се преборят със свръхестествения враг...