Zatiaľ čo posledné epizódy seriálu sledovali výhradne vnútorné myšlienkové pochody hlavného hrdinu. End of Evangelion rozpráva príbeh o tom, čo sa dialo vonku, k čomu sa celý seriál schyľoval. Mladý Ikari Shinji naposledy usadne do mohutného stroja - Evangelionu, aby čelil poslednému kroku v evolúcií ľudstva. Prijme ho alebo sa postaví na odpor?

Svet bol zničený pred približne desiatimi rokmi. Nikto nevie, čo sa vlastne stalo. Muž a chlapec putujú temnou krajinou, vzdorujú hladu a zime, občas sa musia skryť pred ľuďmi alebo sa brániť pri napadnutí. Jediným zdrojom radosti sú pre nich občasné nálezy potravy. Okrem rodinného puta ich spája vedomie, že existencia jedného je dôvodom pre život toho druhého. Otec cíti zodpovednosť za dieťa, ktoré sa narodilo krátko po katastrofe a ktoré nepozná zaniknutú civilizáciu. Predstiera optimizmus pretože na chvíle šťastnej minulosti, ktoré strávil so svojou ženou, môže len spomínať. Otec so synom miera na juh k morskému pobrežiu, aj keď nevedia, čo ich tam čaká a či majú ešte nejakú nádej.

Päť rokov po tom, čo strašná, nevídaná sila prinútila väčšinu ľudí k samovražde, sa jedna z tých čo prežili rozhodne k zúfalému pokusu o útek do bezpečia.

Uprostred vojny vojaci nesnívajú o tom, že sa stanú hrdinami. Modlia sa, aby si spomenuli, čo je to byť mužom. 1917. Západný front. Zablatená pustatina s ostnatými drôtmi a zákopmi. Krajina je nasiaknutá krvou padlých a vo vzduchu je cítiť dusný zápach smrti. Vojak Charlie Shakespeare má zimnicu. Pozerá sa na svojich vyčerpaných kamarátov a tela, ktoré ostali po bitke ležať bez života. Je sám. Zúfalo by chcel preč. S niekoľkými mužmi, ktorí prežili, sa uchýli do nemeckého zákopu. V podzemných tuneloch, stratení na nepriateľskom území, čakajú na záchranu. Ale nikto neprichádza a noc s beznádejou sa znáša na krajinu...