Kvelden før Rob skal reise til Japan, ser han avskjedsfesten sin som en anledning til å innrømme sine egentlige følelser og knytte sammen et par løse tråder. Planen hans tar en uventet vri da en voldsom rystelse forstyrrer festen. Gjestene samler seg for å se nyhetsrapportene om et jordskjelv før de stormer til taket for å vurdere skaden. En ildkule eksploderer i horisonten. Så går strømmen. Forvirringen går over til panikk når festdeltakerne snubler seg gjennom mørklagte ganger og ut på gaten. Blant skrikene fra alle menneskene og et brøl fra et umenneskelig vesen må Rob og vennene hans krysse et landskap som er totalt endret, overtatt av noe utenomjordisk, skrekkinngytende, gigantisk…
Lt. Ripleyer eneste overlevende når hennes vrak av et romskip lander på Fiorina 161, en gold ødemark bebodd av de tidligere fangene fra planetens fengsel for særlig farlige forbrytere.
Sam Witwicky er nybakt college-student. Men da han får vite sannheten om Tranformers' opprinnelse, må han akseptere sin skjebne og bli med Optimus Prime og Bumblebee i den historiske kampen mot Decepticons. De har nemlig vendt tilbake sterkere enn noensinne for å tilintetgjøre vår verden.
Onde militarister på har brukt blod fra den alieninfiserte Ellen Ripley til å klone frem en haug nye aliens. De har i samme slengen klonet Ripley og eksperimentert med å spleise hennes gener med uhyrenes. Militarister har jo som kjent alltid hatt sans for ting som dreper effektivt. Selvfølgelig slipper både aliener og Ripley fri når rompirater border det militære romskip. Dermed er det duket for atter et oppgjør med universets mest nådeløse skapninger.
En mystisk epidemi brer seg med foruroligende fart over hele verden og gjør at folk forandrer personlighet på skumleste vis. Psykiater Carol Bennell i hovedstaden Washington og kollegaen Ben Driscoll får vite sannheten om den voksende epidemien, men det er allerede snart for sent. Utbredelsen skjer så raskt at det snart er umulig å vite hvem man kan stole på. Carols eneste håp er å holde seg våken lenge nok til å finne igjen sønnen sin. Han kan ha løsningen som stanser en ødeleggende invasjon.