Le film de conclusion de la série animée Gintama, adaptant les derniers chapitres de la série manga du même nom écrite par Hideaki Sorachi. Le film couvre les chapitres 699-704 du manga original, avec du matériel original ajouté.

Un vagabond recueille un enfant abandonné par sa jeune mère qui, quelques années plus tard, est prise de remords et tente de retrouver son fils.

Le samouraï rônin Sanjuro Tsubaki prend sous son aile une bande de jeunes guerriers inexpérimentés et les aide à déjouer un complot contre le chambellan. Jouant de ruse avec les conspirateurs, Sanjuro se révélera un tacticien hors pair, avant de se confronter avec le redoutable Muroto, bras droit du chef des comploteurs.

Tourmenteur de l'humanité avec la guerre, la peste ou la famine, Méphisto considère que la terre lui appartient. L'Archange Gabriel lui évoque le nom de Faust, un vieux savant, un juste dont la vie entière est la preuve que la terre n'est pas totalement soumise au Mal. Méphisto promet de détourner de Dieu l'âme de Faust. Alors la terre sera tienne, promet l'Archange... Dans son village décimé par la peste, Faust, désespéré, trouve un grimoire lui permettant d'invoquer le Diable, et signe avec lui un pacte de 24 heures pour sauver les malades. Mais les villageois s'en aperçoivent et veulent le lapider. En proie au suicide, Faust accepte une nouvelle proposition de Méphisto : retrouver sa jeunesse en échange de son âme…

A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...

L'idée de génie qu'eût madame Souza en offrant un vélo à son neveu alla bien au-delà de ses espérances. L'entraînement, une alimentation adaptée et le Tour de France n'était pas loin... La "mafia française" non plus qui, repérant le futur champion cycliste, l'enlève. Madame Souza, accompagnée de trois vieilles dames, les Triplettes, devenues ses complices, devra braver tous les dangers dans une course poursuite ébouriffante.

Kazamatsuri, un Ronin vient de voler le sabre ornemental offert par le shogun au clan Nagashima qu'il était pourtant supposé garder. Le chef du clan décide donc d'envoyer son fils Heishiro à la poursuite du Ronin. Déterminés mais inexpérimentés, Heishiro et ses deux amis vont vite déchanter...

À l'aube des années 1660, la Mandchourie annexe la Chine pour y installer la dynastie Ching. À la suite des multiples insurrections contre le gouvernement, ce dernier interdit l'étude et l'exercice des arts martiaux afin de maintenir l'ordre et la discipline dans le pays. Fire-wind, chef militaire de la dynastie antérieure, se dit qu'en aidant le gouvernement à faire appliquer la nouvelle loi il parviendra à s'enrichir rapidement. Il a projeté de s'attaquer à la dernière ville frontière, petite bourgade du nom de Martial Village, dont les habitants sont réputés rebelles et courageux. Fu Qingzhu tente de mettre un terme à cette boucherie et décide de sauver Martial Village. Il convainc deux habitants de l'accompagner jusqu'au Mont Heaven pour solliciter l'appui de Maître Shadow-Glow. Ce dernier leur vient en aide et ordonne à quatre de ses meilleurs disciples de partir.

Au 16ème siècle, le village de Tatara est célèbre pour forger un acier qui possède une résistance incroyable et ne rouille pas. Gosuke (Sho Aoyagi) vient d'une famille de Tatara qui sont des maîtres fabricants d'épées, mais il veut devenir samouraï. Pendant ce temps, les armes deviennent de plus en plus importantes dans la guerre et les forces vont bientôt converger vers le village.

Une jeune orpheline devient bientôt une actrice célèbre. Elle rencontre trois hommes.