Πίσω στο 1186 ο κόσμος είναι πολύ διαφορετικός από αυτόν που γνωρίζουμε σήμερα. Η «ιερή πόλη» Ιερουσαλήμ έχει καταληφθεί από τους Χριστιανούς από το 1099 με την πρώτη σταυροφορία. Η συνύπαρξη με τους πολυπληθέστερους Άραβες, μετά και την αποτυχημένη δεύτερη σταυροφορία είναι εύθραυστη. Το "Λατινικό Βασίλειο της Ιερουσαλήμ" διοικείται από τον άρρωστο βασιλιά Βαλδουίνο τον 4ο και τους συμβούλους του. Στην κρίσιμη αυτή περίοδο ο ιππότης Γοδεφρείγος του Ιμπελέν επιστρέφει στην πατρίδα του με μια ομάδα σταυροφόρων, για να στρατολογήσει νέους φιλόδοξους μαχητές για την υπεράσπιση των Αγίων Τόπων. Παράλληλα όμως αναζητά -και τελικά βρίσκει στη Γαλλία- το νόθο γιο του, τον Μπαλιάν ο οποίος έχει μόλις χάσει τη γυναίκα του. Ο Μπαλιάν, ανεπιθύμητος πλέον στο χωριό του, θα δεχτεί να ακολουθήσει τον πατέρα του πίσω στην ένδοξη Ιερή Πόλη.
Μια τελετή μαύρης μαγείας φέρνει στη Γη τον δαίμονα Hellboy, γεννημένο στις φωτιές της Κόλασης. Ο καλόκαρδος δόκτωρ Μπρουμ θα τον πάρει υπό την προστασία του και θα τον γνωρίσει σε μια ομάδα ανθρώπων, που ζουν απομονωμένοι εξαιτίας των υπερφυσικών τους ικανοτήτων. Ο πύρινος ήρωας θα συμμαχήσει μαζί τους για να πολεμήσουν τις δυνάμεις του Σκότους, που απειλούν την ανθρωπότητα...
Η ιατρική εταιρεία Umbrella Corporation διατηρεί ερευνητικά εργαστήρια κάτω από το έδαφος της Ρακούν Σίτι, όπου καλλιεργείται ένας θανατηφόρος ιός. Κάποιος θα τον κλέψει, ο ιός όμως θα διαρρεύσει μεταμορφώνοντας τους πάντες σε ζόμπι που διψούν για αίμα. Η κυβέρνηση στέλνει μια ελίτ στρατιωτική ομάδα με επικεφαλής την Άλις και τη Ρέιν για να αναχαιτίσουν τον ιό τρεις ώρες πριν μολύνει τον υπόλοιπο κόσμο.
Στο κοντινό μέλλον, έξι μήνες μετά από το σημείο που η πρώτη ταινία μας είχε αφήσει, ο θανατηφόρος ιός έχει πλέον εξοντώσει ολόκληρη τη Βρετανία. Οι αμερικανικές στρατιωτικές δυνάμεις ανακοινώνουν ότι είναι και πάλι ασφαλές να κατοικηθεί η περιοχή κι έτσι ξεκινά ένα κύμα μετανάστευσης προς τη Μεγάλη Βρετανία. Μία οικογένεια θα ενωθεί ξανά, όμως ένα μέλος της κουβαλά ένα τρομερό μυστικό... γιατί ο φρικιαστικός ιός δεν έχει εξοντωθεί τελείως...
Η πράκτορας Άλις, που έχει αποκτήσει υπερφυσικές δυνάμεις ύστερα από βιογενετικά πειράματα που της υποβλήθηκαν, έχει ελάχιστες ώρες μέχρι το ξημέρωμα για να σώσει τους λίγους επιζήσαντες από τον θανατηφόρο ιό που μετατρέπει τους πολίτες της Racoon City σε αιμοδιψή ζόμπι.
Μετά την κατάρρευση του ανθρώπινου πολιτισμού, μια κοινότητα νοημόνων πιθήκων με αρχηγό τον Σήζαρ, ζει αρμονικά μαζί με μια ομάδα ανθρώπων. Ο Άλντο, ένας γορίλας στρατηγός, προσπαθεί να προκαλέσει εμφύλιο πόλεμο ανάμεσα στους πιθήκους ώστε να ανέλθει στην εξουσία στη θέση του Σήζαρ. Στο μεταξύ, μια ομάδα μεταλλαγμένων ανθρώπων που επέζησαν κάτω από μια κατεστραμμένη πόλη, προετοιμάζεται για να επιτεθεί στους πιθήκους, τους οποίους θεωρούν εχθρούς της ανθρωπότητας.