در ادامه‌ی ماجراجویی‌هایی باب اسفنجی شلوار مکعبی، این بار باب اسفنجی و پاتریک به یک مأموریت برای نجات گری، که توسط پوسایدون دزدیده شده است، به شهر متروکه و گمشده آتلانتیس سفر می‌کنند. این فیلم برای اولین بار منشأ دیدار باب اسفنجی با گری و آشنایی باب اسفنجی با پاتریک و اختاپوس را فاش می‌کند!
شیکاگو، سال ۲۰۳۵. روبات ها در همه جا به عنوان کارگر یا پیشخدمت به کار گرفته شده اند. در حالی که به سه قانون روباتی پای بند هستند که ظاهرا باعث می شود به آدم ها لطمه ای نزنند. تا این که کارآگاه ویژه ی جنایی به نام «دل اسپونز» (اسمیت) به شدت به روبات ها شک می کند و سرانجام رودرروی روباتی به نام «سانی» می شود که تکامل پیدا کرده و به ضوابط «سه قانون روباتی» پای بند نیست...
«سام ویتوسکی» اکنون اتوبوت‌ها را به حال خود رها کرده و تصمیم گرفته یک زندگی معمولی داشته باشد. اما زمانی که ذهنش با علائم مرموزی پر می‌شود، «دسپتیکون» ها به دنبال او می افتند، و او بار دیگر به نبرد تبدیل شوندگان باز می‌گردد.
«ناتالی» (دیاز)،«دیلن» (باریمور) و «الکس» (لیو)، برای مردی به نام «چارلی» (با صدای فورسایت) کار می کنند که هرگز با کارمندان خود رو در رو ملاقات نمی کند. در مأموریت این بار، «اریک ناکس» (راکول)، یکی از نوابغ فن آوری های الکترونیک ربوده شده و «راجر کوروین» اهریمنی (کوری) مظنون شماره ی یک تلقی می شود...