اقتباساً عن سلسلة الكوميكس الشهيرة الرجل العنكبوت تدور أحداث الفيلم حول (بيتر باركر) الطالب اليتيم الهادئ الفقير الخجول الذي يتعرض في أحد المعارض العلمية لعضة عنكبوت معدل وراثياً مما يعطيه قدرات خارقة، بينما يحب بيتر (ماري) في صمت لأنها ترافق صديقه (هاري أوزبورن)، نجد أن (نورمان) والد هاري المليونير غريب الأطوار يستخدم نوعًا جديدًا من مخدرات تعزيز الأداء ليصبح العفريت الأخضر، فيصبح لزاما على بيتر مواجهته لإنقاذ عائلته وأصدقائه.
بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.
في لوس أنجلوس ، عصابة من لصوص البنوك يطلقون على أنفسهم اسم الرؤساء السابقون يرتكبون جرائمهم وهم يرتدون أقنعة ريغان وكارتر ونيكسون وجونسون. مكتب التحقيقات الفدرالي يعتقد أن أعضاء العصابة يمكن أن يكونوا متصفحي الأمواج ويرسلون العميل الصغير جوني يوتا متخفيًا على الشاطئ للاختلاط مع راكبي الأمواج وجمع المعلومات.
لقد ذهب جون قسطنطين حرفيًا إلى الجحيم والعودة. عندما يتعاون مع شرطية لحل الانتحار الغامض لأختها التوأم ، يأخذهم تحقيقهم عبر عالم الشياطين والملائكة الموجود أسفل المناظر الطبيعية في لوس أنجلوس المعاصرة.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يواجه غالو وإدارة إطفاء الإنقاذ المحترق ضد البولندية ، وهي مجموعة من المسوخ القادرة على التحكم في النيران واستخدامها ، وكارثة الحريق التي أطلقوها على الأرض.
يحصل (الرجل العنكبوت) على مفتاح المدينة نتيجة لجهوده في إنقاذ حياة ابنة العمدة، والمدينة ككل، ونتيجة لذلك يصيبه الغرور، وتتوتر العلاقة بينه وبين حبيبته (مارى جين)، ويواجه بعد ذلك مخلوقًا طفيليًا قادمًا من الفضاء الخارجى لديه القدرة على إضفاء روح عدوانية شريرة.
أصبح جون كونور في العشرينات من العمر، الآن تسعى مدمرة أنثى تدعى تي – إكس أو "تريميناتركس" لقتله، بعدها يتم إرسال مدمر من طراز تي - 800 مرة أخرى عبر الزمن لحماية جون كونور، في الوقت الذي تكون فيه الآلات على وشك النهوض.