Daugianacionalinių Jungtinių Pajėgų karo žvalgas Vikusas užsikrečia paslaptingu virusu, kuris ima keisti jo DNR struktūrą. Vikusas akimirksniu tampa labiausiai ieškomu žmogumi pasaulyje. o taip pat ir vertingiausiu, nes jis – raktas, atveriantis ateivių technologijų paslaptis. Jam belieka slėptis 9-jame rajone.
SG-1 komanda, viena iš daugelio, bet pati svarbiausia galaktikoje. Dabar jos svarbiausias tikslas - sunaikinti atvykstančius kariauti Boalo karius. Vieną dieną komanda pasigenda dviejų narių. Pulkininkas leitenantas Mičelas ir archeologas daktaras Danielius supranta, kad buvo sugadintas pagrindinis įrenginys, leidžiantis keliauti laiku ir erdve. Komanda skuba į Žemę. Deja, atsiduria tokiame pasaulyje, kuriame Žvaigždžių vartų - senovinio prietaiso, perkeliančio į tolimiausias planetas, nėra buvę. O ir jie patys bei jų istorija lieka lyg nebuvę. Taigi komandai tenka įtikinėti abejonių kupiną valdžią ir armiją, kad laiką persuko galingas ateivis, siekdamas užkariauti Žemę. O laikas bėga nenumaldomai...
Filmas prasideda ten, kur baigiasi ŽVAIGŽDŽIŲ VARTAI – 1 su puikia ŽVAIGŽDŽIŲ VARTŲ komanda: Danieliu Jacksonu Michael Shanks, Vala Claudia Black, Teal’c Christopher Judge, Sem Amanda Tapping ir Kem Ben Browder. Būrys pakyla į savo įspūdingiausią gyvenimo nuotykį. Beieškant istorinio ginklo, kuriuo tikisi įveikti despotiškąjį Orį. Komanda sužino, kad tuo metu Ori jau pasirengęs atakuoti Žemę!
Milžiniškas plyšys kosmose ir laike pagimdo nerealių dydžių kosminį siaubą, kuris paskatina Žemės gyventojus susidomėti nauja, tačiau keista religija. Pasibjaurėjimą keliantis planetos dydžio ateivis paverčia robotą Frajų šios naujos religijos, skatinančios žmones palikti Žemę, popiežiumi. Nebelikus nė vieno žmogaus jų kelyje, robotai pasiruošę perimti mūsų planetos valdymą.