Ο Πάτρικ, ένα εγκατελειμένο παιδί απο την Ιρλανδία, αφήνει πίσω τα επώδυνα παιδικά του χρόνια για το αστραφτερό και "swinging" Λονδίνο της απαστράπτουσας εποχής του '70...Και, καθώς κυνηγά εκεί μια καριέρα στο καλλιτεχνικό στερέωμα, θα ανακαλύψει την αληθινή του ταυτότητα ως περφόμερ σε καμπαρέ, υποδυόμενος θηλυκούς ρόλους. Παράλληλα βιώνει μια σπαρακτική αναζήτηση για την αληθινή του μητέρα, σε μια διαδρομή μέσα απο ταραγμένη πολιτική κατάσταση της εποχής...
Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.
Ένας ουρανοξύστης στη Νέα Υόρκη γίνεται το επίκεντρο πανικού και τρόμου. Η αιτία είναι η επιστροφή των τρομερών Γκρέμλινς και ο Μπίλι, η Κέιτ κι ο Γκίσμο είναι οι μόνη ελπίδα για σωτηρία.
Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.