Um assassino misterioso que possui uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo. Tetsuko e Tetsuya são dois irmãos ferreiros especializados em forjar espadas, e assustados com os assassinatos que estão ocorrendo em Edo, decidem contratar o Yorozuya para investigar quem é o assassino. No entanto, Tetsuya avisa a Gintoki que o assassino possui uma espada poderosa chamada Benizakura e que tem ligação com o Kiheitai. Então, Gintoki caça o misterioso assassino.
Nesta aventura, Lupin III tenta apagar os arquivos sobre ele na rede policial mundial. Ele descobre sobre o Ultravírus, um vírus de computador que controla todos os outros e sua localização é conhecida apenas por uma criança. Enquanto isso, ele rouba a Estátua da Liberdade para procurar o "Super Egg", um diamante gigante que dizem estar escondido em algum lugar lá dentro. Aparentemente, o diamante e o Ultravírus estão de alguma forma relacionados…