Amnezija je spasila posada talijanskog ribarskog broda kad pluta na moru. Nema identitet i prošlost, ali posjeduje niz izvanrednih talenata u lingvističkim, borilačkim i samoobrambenim umijećima koji sugeriraju profesiju rizika. Zbunjen i dezorijentiran, on poduzima besnu potragu da otkrije tko je i zašto je njegov život preuzeo tako opasan zaokret.

Nakon što je izgubio pamćenje i jedinu osobu koju je volio, Bourne je prisiljen razotkriti svoju prošlost kako bi mogao imati budućnost. Putujući od Moskve, Pariza, Londona do Tangera i New Yorka, nastavlja potragu za pravim Jasonom Bourneom – cijelo vrijeme nastojeći nadmudriti brojne policajce, savezne časnike i Interpolove agente koji ga drže na nišanu.

Prošlost Jason Bournea vraća se po njega. U drugom dijelu sage o tri filma koja se temelji na životu Jason Bournea, bivšeg CIA-inog agenta koji gubi pamćenje i dok se bori da ga oporavi i otkrije tko je on, našao se uključen u mrežu špijunaže i vladine manipulacije od strane Sjedinjenih Država gdje će ga progoniti profesionalni ubojice, paravojni plaćenici i bivši CIA-ini drugovi. Film započinje u Goi u Indiji, gdje su Jason i Marie otišli živjeti da bi se sakrili od Treadstonea, ali tamo ima bivšu tvrtku agent ih locira i progoni. Jason Bourne započinje svoju avanturu da otkrije svoju prošlost sjećanjem se dijela toga i progoni agenta koji se također predstavlja kao on.

Nakon neuspješne pljačke ljekarne, policija privodi narkomanku Nikitu (Anne Parillaud). Premda je osudi na smrtnu kaznu policija lažira njenu smrt i odluči joj pružiti još jednu priliku, da za protuobavještajnu službu uklanja nepoželjne ljude.

Iskusni Frank Horrigan tajni je agent starog kova, pripadnik specijalne američke tajne službe, koji se pred samu mirovinu još uvijek bori s demonima iz svoje prošlosti. Naime, na njegovu prvom zadatku čuvanja predsjednika, 1963. godine ubijen je predsjednik John F. Kennedy, što si Horrigan nikako nije uspio oprostiti. Gotovo trideset godina kasnije, aktualni američki predsjednik vodi kampanju za ponovni izbor, a Horrigana počinje opsjedati profesionalni ubojica Mitch Leary (John Malkovich), najavljujući još jedno ubojstvo. Iako ostatak tima takve prijetnje ne shvaća nimalo ozbiljno, Franku ne pada na pamet ponovno si priuštiti noćnu moru odgovornosti za gubitak predsjednika svoje države.

Iako se čini da život bivšeg tajnog agenta, Joea Hallenbecka, ne može biti gori, preljub njegove supruge i prezir maloljetne kćerke dovedu ga na sam rub egzistencije. Kada Hallenbeck dobije novi, naočigled jednostavan zadatak zaštite striptizete Cory, on niti ne sluti da će ga slučaj odvesti do najvećeg životnog iskušenja. Kada Cory ipak izgubi život, Hallenbeck kreće u istragu zajedno sa striptizetinim dečkom, bivšim igračem ragbija, Jimmyjem Dixom, i uskoro otkriva kako je prste u ubojstvu imao korumpirani vlasnik tima, Sheldon Marcone...