Avaruusalus Nostromo on matkalla kotiin Maahan, kun lähellä olevalta avaruusasemalta saapuu hätäsanoma. Kun he laskeutuvat, on asema tyhjä: kaikki ovat kuolleet. Miehistöllä ei ole aavistustakaan millaiseen painajaiseen he joutuvat.
Ripleyn kertomukseen hirviöstä ja Nostromo-aluksen miehistön kohtalosta suhtaudutaan epäillen. Kun planeetta LV-426:n asukkaat häviävät oudoissa olosuhteissa, hänet kuitenkin nimitetään johtamaan ryhmää, joka lähetetään tutkimaan asiaa. Uusi painajainen alkaa...
E.T. on ulkoavaruudesta maan päälle joutunut olento, joka piilopaikkaa etsiessään eksyy erään amerikkalaisen perheen takapihalle. Perheen poika löytää olennon ja vie tämän kotiinsa. Tarina kertoo ystävyydestä mikä syntyy 10-vuotiaan pojan ja E.T:n välille.
Yli 30 vuoden ajan MEN IN BLACK - MIEHET MUSTISSA ovat tarkkailleet avaruusolioiden toimintaa maapallolla. Heidän työnantajansa on epävirallinen mutta avokätisesti rahoitettu hallituksen toimisto, joka tarjoaa galaksien välisiä maahanmuuttopalveluja ja valvoo avaruudesta peräisin olevaa toimintaa Maassa - kaikki visusti suuren yleisön tietämättömissä. Rutiinitutkimusta suorittaessaan MIB-veteraaniagentti K törmää nuoreen newyorkilaiseen poliisiin, jonka hän värvää salaisiin valiojoukkoihin. Tutkiessaan avaruusolioista tehtyjen havaintojen sarjaa MIB-agentit saavat vihiä erään intergalaktisen terroristin hengenvaarallisesta juonesta salamurhata kaksi vihollisgalaksin lähettilästä, jotka pitävät majaa New Yorkissa. Estääkseen maailmojen välisen sodan K:n ja J:n on napattava terroristi, ennen kuin koko planeetta tuhoutuu taistelun tuoksinassa. He ovat paras... ja ainoa puolustuksemme. He toimivat salassa suojellakseen meitä avaruuden hörhöiltä. He ovat MEN IN BLACK - MIEHET MUSTISSA!
Jättiläismäiset avaruusalukset pimentävät taivaan kaupunkien yläpuolella. Pelko muuttuu kauhuksi suunnattomien energialatausten aiheuttamien tulimyrskyjen pyyhkäistessä suurkaupunkien yli ympäri maailmaa. Planeettamme viimeinen toivo on ryhmä päättäväisiä eloonjääneitä, jotka uhmaavat musertavan ylivoimaista vihollista viimeisellä iskulla ennen ihmiskunnan lopullista tuhoutumista.
Pienen kaupungin lukion opettajat alkavat käyttäytyä tavallistakin oudommin. He ovat suorastaan kuin vieraalta planeetalta. Pari oppilasta sattuu näkemään kuinka koulun terveydenhoitaja tapetaan. Mutta hän ei kuole. Pian lähes kaikki koulun oppilaatkin ovat todella omituisia. Mitä on tekeillä? Mikä ihme ottaa vallan ihmisistä? Vain kourallinen oppilaita osaa epäillä jotain outoa olevan tekeillä. Jotain todella outoa...
Rutiinitehtävällä oleva Agentti J saa vihiä Serleena-nimisen avaruushirviön pirullisesta suunnitelmasta. Seksikkääksi alusvaatemalliksi naamioitunut Serleena on uhka koko maailmankaikkeudelle. Serleenan laittaessa mustanpuhuvan turvallisuusorganisaation kuulat sekaisin, Agentti J tietää, että nyt tarvitaan parhaat mahdolliset voimat kehiin. Agentti J päättää hakea eläkkeelle siirtyneen vanhan oppi-isänsä Agentti K:n jälleen mukaan remmiin. Agentti K ei vaan ole enää mikään agentti, vaikka valtion hommissa onkin. K on töissä postissa, eikä muista tuon taivaallista vanhoista seikkailuistaan. Mutta kun täytyy jälleen pelastaa maapallo, galaksi ja saman tien koko universumi, vanhalle ketulle löytyy taas käyttöä.
Tähän päivään asti ihminen on hallinnut omaa planeettaansa. Vuonna 1974 maailman suurin radioteleskooppi välitti muulle aurinkokunnalle tietoja maapallosta ja sen asukkaista sekä ihmissolun DNA-ketjuista. 20 vuotta myöhemmin viestiin vastattiin. Joku - tai jokin - tiesi, mistä meidät löytää. Vastauksessa kehotettiin yhdistämään toimitetut DNA-tiedot omiimme. Ihmisen uteliaisuus voitti pelon. Uskoimme, että pystymme hallitsemaan tilanteen. Uskoimme, ettei mikään voisi horjuttaa omaa ylivoimaamme... Olimme väärässä.
Historiankirjoihin haluava miljardööri lähtee tutkijajoukon kanssa ihmettelemään etelänavan jäätikön alta löytyvää temppeliä, jota mitä ilmeisimmin eivät ole kyhänneet tämän planeetan alkuperäisasukkaat. Alati muuttuvassa labyrintissa temmeltääkin kaksi eri lajia avaruusolioita, joiden välisen mittelön keskellä ihmiset ovat helisemässä.