V předcházejících bojích proti nestvůrným Andělům pomocí obřích robotů, zvaných Eva, mladí piloti Shinji a Rei byli nuceni nést osud lidstva na svých ramenech. Nyní, Andělé chystají apokalyptický Třetí dopad, který by vyhladil lidstvo. Navíc Shinji a Rei musí sdílet své osudy s dvěma novými piloty Evy, namyšlenou a horlivou Asukou, a tajemnou Mari. Ovládajíce své obří Evy v boji, čtyři mladé duše zoufale bojují, aby zachránily lidskou rasu. Ale budou schopni zachránit sami sebe?
Když koník Medovník přijde přijde při svých toulkách na Zmrzlinový ostrov, setká se tam s mnoha podobnými koníčky a řekne si, že by se tam měl odstěhovat. Brzy ale zjistí, že doma na něj čekají kamarádi, bez kterých by jeho život byl smutný.