Hattukaupan Sophie kohtaa sattumalta kaunottaria viettelevän turhamaisen velhon nimeltä Hauru. Nuori neito nostattaa Turhamaisuuden velhon kateuden ja joutuu tämän noitumana kokemaan, millaista on elää 90-vuotiaana. Noituuden salatakseen Sophie jättää entisen elämänsä – ja päätyy taloudenhoitajaksi Haurun liikkuvaan linnaan.

Kaiken pahan alku ja juuri Paprikassa on laite, jolla on mahdollista sukeltaa suoraan ihmisten uniin ja samalla vaikuttaa niihin. Kun salaperäinen taho varastaa laitteen ja rupeaa tekemään tuhojaan unimaailmassa, käy vähitellen selväksi, että peliä pelataan tällä kertaa isoilla panoksilla. Ainoa toivo lienee tohtori Chiba Atsuko, joka unimaailman siirtyessään ottaa nokkelan, kauniin ja kyvykkään Paprikan hahmon. Mutta tämä uhka saattaa olla liikaa jopa jokapojan unelmien naiselle.

Viktoriaaniseen Englantiin sijoittuvat tapahtumat kertovat Rei- nimisestä nuorestatiedemiehestä. Ensimmäinen maailmannäyttely on ovella, kun Rei saa yllättävän lahjanisoisältään, Roidilta. Höyrypallo, jonka Roid on lähettänyt Reille, pitää sisälläänuskomattomia voimia. Nämä voimat voivat olla hyvin tuhoisia väärissä käsissä, joitaedustaa höyrypalloa tavoitteleva häikäilemätön ja salaperäinen Ohara Foundation.