Докато Пазу носи обяда на своя началник, той внезапно се натъква на момиче с плитки, което се носи в безсъзнание из въздуха. Това момиче притежава магически камък, който ѝ позволява да се носи из въздуха без никакво усилие. Този камък е и ключ към тайнствен митичен замък в небето, известен като Лапута.
Далечното бъдеще. След разпространена кибер "инфекция" хората губят връзка с мрежовата сфера. Извън контрол излизат роботите строители и охраната. Строителите неконтролируемо възстановят града, а охраната обявява жителите му извън закона и предприемат действия за тяхното унищожаване. Благодарение на периметъра в който охраната не може да влезе, група хора успяват да оцелеят в малко селище. Единствено липсата на храна кара хората от време на време да напускат селището, за да търсят хранителни продукти. Веднъж една от групите среща непознат на име Кили. Той търси гена на мрежовия терминал, с помощта на който да възстанови контрола над машините...