Ha pasado un año desde los acontecimientos de SSSS.Gridman. El mundo está en paz y nadie, excepto Rikka y Utsumi, recuerda al kaiju, Gridman o Akane Shinjou. Esto incluye a Yuuta, quien a pesar de ser el anfitrión de Gridman, no recuerda los momentos más importantes de su vida. Entonces, cuando aparece un nuevo Kaiju, aprovecha la oportunidad para demostrarse a sí mismo que él también puede ser el héroe fusionándose con Gridman una vez más.
Sophie, una joven sobre la que pesa una horrible maldición que le confiere el aspecto de una anciana, decide pedir ayuda al mago Howl, que vive en un castillo ambulante, pero tal vez sea Howl quien necesite la ayuda de Sophie.
En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...
En un futuro no muy lejano, un grupo de agentes especiales se disponen a encontrar a un hacker misterioso conocido como "Puppet Master". En la búsqueda descubrirán alarmantes secretos acerca de la evolución de la inteligencia artificial. La película fue una gran inspiración para la trilogía de Matrix.
El psiquiatra Atsuko Chiba ha desarrollado un método de terapia revolucionario denominado "PT", un prototipo de máquina experimental gracias a la cual es posible introducirse en la mente de los pacientes para tratar sus ansiedades. Pero uno de los modelos de PT es robado del laboratorio del Dr. Atsuko, y comienzan a utilizarlo para invadir las mentes de sus creadores, destruyendo sus personalidades mientras duermen.
En una sociedad utópica creada a finales de la tercera guerra mundial, una mujer guerrera que ha sido sacado de las tierras baldías empieza a ver grietas en esta nueva fachada. ¿Y esta comunidad qué ha planeado para el resto de la humanidad?
En un mundo de oscuridad y muerte, sólo un cazador se atreve a poner fin al control que los vampiros ejercen sobre los humanos. Una bella muchacha, Doris, ha sido escogida por el conde Magnus Lee para ser su entretenimiento temporal. Debido a las marcas de su cuello el pueblo la desprecia y mas de uno querría verla muerta. En su desesperación, Doris está dispuesta a dar su vida por un enigmático cazador llamado "D" quien puede ser su única salvación. Antes de que "D" pueda llevar a cabo sus planes, el conde secuestra a Doris y el cazador no tendrá más remedio que entrar en el castillo del conde para rescatarla.
Galford viaja a Japón para advertir a Haohmaru sobre una presencia maligna que puede romper el equilibrio. Shiki consigue escapar de Yuga, el poderoso hechicero demoníaco, y es encontrada por Nakoruru; pero es considerada una amenaza ya que fue poseída anteriormente por Yuga. En medio de toda esta situación aparece Asura y busca a Shiki para asesinarla, pero antes deberá enfrentarse a Nakoruru y Haohmaru.
La historia sigue las aventuras de un grupo de niños que superan diversas situaciones utilizando los conocimientos científicos que adquieren.