Nakon medenog mjeseca Shrek i princeza Fiona vraćaju se kući, a tamo ih dočeka poziv na večeru kod Fioninih roditelja, Kralja i Kraljice, koji ne znaju da je i njihova kći u međuvremenu postala zeleno čudovište. Kada Vila otkrije da su Fiona i Shrek vjenčani, podsjeti Kralja na njihov dogovor prema kojem se Fiona trebala udati za njenog sina, Princa, pa sada Kralj unajmi Mačka u Čizmama, krvnika zelenih čudovišta, da ubije Shreka.
Seksi Amerikanka Wanda (Jamie Lee Curtis) u London dovodi svog tajnog ljubavnika Otta (Kevin Kline) kako bi joj pomogao ukrasti dijamante u vrijednosti od 20 milijuna dolara. Zajedno s dečkom Georgeom (Tom Georgeson) i obožavateljem životinja s govornom manom, Kenom (Michael Palin), Wanda realizira veliku pljačku, no pohlepna kakva jest, želi plijen samo za sebe pa ona i Otto cinkaju Georgea policiji, ne znajući da je on već premjestio dijamante na drugu tajnu lokaciju. Kako bi se približila Georgeu, Wanda se dodvorava njegovom odvjetniku Archieju Leachu (John Clessu) jer ako George prizna krivnju za pljačku tada će Archieju otkriti mjesto gdje je sakrio dijamante, kako bi smanjio svoju kaznu.
Božić u malom mjestu Kingston Falls. Izumitelj Randall Peltzer vratio se sa službenog puta s darom za sina Billyja: riječ je o neobičnom biću zvanom Mogwai. Peltzer pojasni sinu kako se mora pridržavati posebnih pravila: Mogwai ne smije doći u dodir s vodom i jakim svjetlom, a posebice ne smije biti hranjen iza ponoći. Trenutak nepažnje i Peltzerovi na najgori način shvate svrhu pravila. Naime, Mogwai se reproducira uz pomoć vode, a njegovo potomstvo nije nimalo ljupko...
Munjeviti Jurić šampion je automobilskih utrka, idol mladih i neustrašivi sportaš. Iako beskrajno samouvjeren i bahat, on zapravo ništa ne zna o stvarnom životu, a kao proslavljeni trkač, ne dopušta da ga bilo tko nadmaši. Tijekom posljednje utrke dogodi mu se nezgoda zbog koje još dva automobila istodobno s njim uđu na cilj. Da bi se proglasio pravi pobjednik, organizatori odluče upriličiti još jedno natjecanje, na velikom trkalištu u Kaliforniji. Putujući u kamionu prema odredištu, Juriću se dogodi nezgoda te on zaglavi u malom, zapuštenom zaselku. Očajan jer zbog oštećenja ne može otići, on je prisiljen ostati u zaselku, upoznati se s njemu neuglednim i neprimjerenim automobilima, no koji će mu pomalo postati dragi...
Razmažene odrastanjem u sigurnosti njujorškoga zoološkog vrta, naviknute na redovito hranjenje, brigu i oduševljenost razdraganih posjetitelja, četiri će se životinje, koje pojma nemaju o tome kako život u divljini doista izgleda, nakon svoga bijega u slobodu neugodno iznenaditi. Osjećajni lav Alex (Boris Mirković), živahna zebra Marty (Ozren Grabarić), neurotična žirafa Melman (Drago Utješanović) i drski nilski konj Gloria (Zrinka Cvitešić) najbolji su prijatelji i najveće zvijezde zoološkog vrta, no kada jedan od njih nestane iz svoga kaveza, ostali ga kreću tražiti, a putovanje svih završit će u dalekoj Africi, i to na Madagaskaru.
Kada dolini u kojoj žive zaprijeti otapanje leda koji je okružuje, mamut Manny, ljenivac Sid i sabljasti tigar Diego počinju savjetovati ostale životinje da potraže novo skrovište, prije negoli isteknu tri dana tijekom kojih bi se voda mogla probiti u njihov dom. Bježeći, trojac susreće žensku mamuticu Ellie, koja je uvjerena kako je zapravo oposum, poput njene zaigrane braće. U međuvremenu, vjeverica Scrat i dalje svoj lješnjak pokušava sačuvati i usred najčudnijih okolnosti.
Bogataš Clamp (J. Glover) želi sagraditi golem trgovački i rekreacijski centar u New Yorku. Na tom se mjestu zbog novog projekta ruši staretinarnica jednoga Kineza, a pritom se na slobodi nađe simpatični gremlin Gizmo. U dodiru s vodom u laboratoriju genetičara dr. Cathetera iz dobroćudnog Gizma nastane masa zloćudnih gremlina koji uništavaju sve što stignu. U središtu borbe s njima nađe se mladi par, Billy (Z. Galligan) i Kate (P. Cates), kojima gremlini nisu nepoznati...
Kada Fionin otac, Kralj daleke zemlje premine, Shrek postaje automatski nasljednik trona. Međutim, sam Shrek, poštenjačina kakva već jest, uz pomoć svojih prijatelja odluči potražiti sljedećega legitimnog nasljednika, Artieja, koji se skriva u nekome udaljenom kraljevstvu. Naime, Shrek se želi vratiti u svoj močvarni dom, kako bi on i trudna Fiona nastavili živjeti mirnim životima. Za to vrijeme, zavidni i ambiciozni Princ udruži se s ostalim zlikovcima kako bi uspio izvesti puč i postati novi kralj.
Nakon što Fred Kremenko pozajmi novac Barneyju i Betty Kamenko kako bi mogli posvojiti bebu, Barney pomaže Fredu da napreduje na poslu u Kamengradu iz kamenog doba.