Nel 2034, la Sezione di Pubblica Sicurezza Numero 9 è ancora attiva e si appresta a risolvere un nuovo cyber crimine. Un misterioso terrorista sta diffondendo un virus (elettronico) che provoca reazioni suicide negli individui che ne vengono infettati, ma dopo che il maggiore Motoko Kusanagi aveva lasciato la sezione (ben 2 anni prima), molto sembra essere cambiato all'interno di questa squadra speciale. Durante le indagini comunque, un terribile dubbio salterà in mente agli uomini della Sezione 9: il maggiore Kusanagi potrebbe avere qualcosa a fare con i sanguinosi attentati delle persone colpite dal virus. Tutta la storia si dirama nella ricerca della verità, e non senza colpi di scena si arriverà a scoprire manovre segrete di cui lo stesso governo nazionale potrebbe essere il promotore segreto.

Il Giappone è totalmente gettato nel panico quando alcune navi pescherecce - al largo delle coste - esplodono e affondano senza motivo. All'inizio le autorità pensano si tratti di mine sottomarine, inviate dai governi nemici, oppure un'insolita attività vulcanica sotterranea. Ma presto le autorità si spostano all'isola di Odo, molto più vicino al luogo dove le navi sono affondate...

Due anni dopo la tragedia di "Westernlandia", il parco divertimenti Delos viene riaperto. Allo scopo pubblicitario, i reporter Chuck Browning e Tracy Ballard vengono invitati per osservare il nuovo parco.

Una banda di amazzoni particolarmente aggressive addestrate nelle arti belliche tiene prigionieri un gruppo di uomini che abitano nei villaggi confinanti. Solo il custode del Sacro Fuoco, che non è altro che petrolio, osa spezzare il loro dominio, ma l'uomo viene attirato in tranello mortale. Ma c'è chi è pronto a vendicarne la morte e a sconfiggere le terribili amazzoni.

Sconfitto nella precedente avventura, il perfido Durant non ha capito la lezione e ora ci riprova. Dotato di sofisticate armi non convenzionali, si fa largo a suon di omicidi tra la malavita per assumere il controllo dello spaccio di droga. Sulla sua strada trova però ancora Darkman, alias il professor Peyton Westlake, ben deciso a impedirgli di fare altri danni.

Bisognoso di fondi per continuare la sua eterna ricerca volta alla creazione di una pelle sintetica stabile e duratura, Darkman/Westlake si rivolge per un finanziamento a Peter Rooker, un facoltoso magnate che però ha costruito la sua fortuna attraverso un gigantesco traffico di stupefacenti. Affiancato dalla dottoressa Bridget Thorne, una dei chirurghi che lo curarono dopo l'incidente che lo deturpò, e che sostiene di essere in grado di restituirgli la perduta sensibilità riallacciando le terminazioni nervose recise, Darkman deve opporsi al re della droga che l'ha sovvenzionato e che ora vuole a tutti i costi impadronirsi della tecnologia sperimentale messa a punto dallo scienziato.