تدور أحداث الجزء الثاني من الفيلم حول زيارة مارتي لعام 1955 مرة أخري عن طريق آلة الزمن، ولكن مهمته هذه المرة منع تغييرات كارثية لعام 1985، وذلك دون تدخل أحد معه في رحلته.
يعلم مارتي مكفلي بأن حياة صديقة الدكتور إيميت براون في خطر ، بينما يستمتع براون بالحياة الهادئة في عام 1885، فيقرر السفر إلى الماضي لإنقاذ صديقه. ويتلقى مارتي رسالة من د. إيميت تعود عمرها للقرن الماضي، يخبره فيها أنه قرر العودة بالزمن إلى عام 1885، وأنه قد خبأ آلته بمنجم مهجور خارج المدينة.
بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.
يصبح (إيدي) و(فينوم) مطاردين من قبل العديد من الجهات، ويتعين عليهما اتخاذ قرارًا مدمرًا في المغامرة الأخيرة من رحلتهما معًا.
يحصل (الرجل العنكبوت) على مفتاح المدينة نتيجة لجهوده في إنقاذ حياة ابنة العمدة، والمدينة ككل، ونتيجة لذلك يصيبه الغرور، وتتوتر العلاقة بينه وبين حبيبته (مارى جين)، ويواجه بعد ذلك مخلوقًا طفيليًا قادمًا من الفضاء الخارجى لديه القدرة على إضفاء روح عدوانية شريرة.
في الجزء الثالث من السلسلة الشهيرة تهرب (إلين ريبلي) من كوكب الكائنات الفضائية الغريبة، لكن تتعطل السفينة الفضائية في مصفاة بترول نائية، تضطر للبقاء إلى أن يتم إنقاذها بواسطة زملائها، لكن يبدأ كابوس الفضائيين المخيف في الظهور مرة أخرى، وتبدأ في مقاتلة القاطنين في تلك المناطق النائية، فهل ستستطيع (إلين) مقاتلتهم ثانية؟
بعد التراجع في الثقافة الأطلانتية الذي جاء بعد الغرق، كيدا (كيدارداش) هي الملكة الآن، ومتزوجة من (ميلو تاتش )، وتستخدم قلب أطلانتس لإستعادة المجد السابق لمدينتها.
تدور قصة الفيلم حول إيلين ريبلي التي يتم إحيائها بعد 200 عاما من وفاتها، بعد تهجينها لتجمع بين صفات البشر وكذلك الكائنات الفضائية وما يتحتم عليها من أعمال لمواجهة تلك الكائنات الفضائية.