클론 전쟁이 시작되었던 때로부터 3년이 지나고 팰퍼틴 의장과 제다이 사이의 불화는 더욱 커져 클론 전쟁은 더 이상 걷잡을 수 없게 격화된다. 자신이 제다이가 될 것임을 굳게 믿고 있던 아나킨은 제다이 기사 자격을 줄 수 없다는 기사단의 결정에 절망하고, 스승인 오비완과의 갈등은 더욱 깊어만 간다. 그런 아나킨에게 자신의 정체를 드러낸 팰퍼틴은 절대적인 힘을 갖게 해 주겠다며 그를 유혹하고, 아나킨은 점점 어둠의 힘에 이끌려 변해간다. 어둠의 세력에 완전히 장악 당한 아나킨은 자신에게는 아버지나 다름없는 오비완과 맞닥뜨리게 되는데...

폴리네시아에 거대한 태풍이 오고, 인펀트 섬에 있던 모스라의 알이 이 때문에 바다로 떠내려가고 만다. 모스라의 알은 일본 시즈노우라 앞바다까지 떠밀려온다. 거대한 모스라의 알은 화젯거리가 되고, 신문기자 사카이 이치로는 알을 취재하기 위해 온다. 그러나 해피 공업의 쿠마야마라는 사람이 나타나 자신이 알을 최초 발견자로부터 샀으니 알에 대한 권리는 모두 자기에게 있다며 알을 조사하는 과학자와 기자들을 모두 쫒아낸다. 해피 공업은 모스라의 알을 구경거리로 삼아 돈을 벌 생각이었다. 이들 앞에 소미인이 나타나 알을 제발 돌려달라고 부탁하지만, 쿠마야마와 해피 엔터프라이즈의 사장은 소미인도 잡으려고 든다. 도망친 소미인들은 이번에는 사카이 일행의 앞에 나타나 모스라의 알을 되찾는 것을 도와달라고 부탁한다. 사카이 일행은 소미인들과 함께 해피 공업에 정식으로 찾아가 모스라의 알을 돌려달라고 요청하지만 매몰차게 거절당한다. 실망한 소미인들은 모스라와 함께 인펀트 섬으로 돌아간다. 한편, 간척사업이 진행중인던 땅에서 방사능이 검출되고 이곳을 취재하러 간 사카이 일행은 땅 속에서 고지라가 솟아오르는 것을 목격한다. 킹콩에게 패배해 바다로 떨어졌던 고지라가 다시 깨어난 것이다. 고지라는 요코하마로 향하며 중공업지대를 파괴한다.

대 바이오 테러 조직 'BSAA'의 크리스 레드 필드는 정보를 바탕으로 불법무기 밀매 조직의 거점 인 수수께끼의 양옥에 잠입한다.탐색 하던 중 크리스는 국제 수배자인 "글렌 아리아스"와 대치하는 도중 믿기힘든 광경을 보게되는 한편, 라쿤 시경의 특수 부대 'STARS'의 일원이었던 레베카 챔버스는 현재 대학 교수로 "사망자가 되살아 난다" 라는 이상한 사건의 조사, 연구을 하고 있었다.사건의 조사를 통해 "신형 바이러스"가 관계하고있는 것을 밝혀내고 그녀는 치료제의 개발에 성공. 그 직후, 연구소가 누군가에게 습격을 받고 레베카는 죽음의 위험에 노출되어 버리지만, 다행히 달려온 크리스들에 의해 구출된다. 이 습격 후 크리스와 레베카는 미국 대통령 직할 에이전트 조직 "DSO"에 소속 된 레온 S 케네디에게로 ... 그는이 신형 바이러스가 관련된 사건을 가장 잘 아는 인물이었다 다시만나게 된 "크리스와 레온" 은 국제 테러수배자인 "글렌 아리아스"의 진정한 목적이 "바이오 테러"라고 생각한 두사람은 레베카와 함께 그의 목적을 저지하고 사람들을 구하기 위해 그를 쫓아 뉴욕으로 향한다.

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

세계적인 제약회사의 회장인 다코는 연구원인 사쿠라이 오사무와 후루에 긴자부로를 파로 섬으로 보낸다. 파로 섬에서만 자라는 소마 열매는 강력한 마취 성분을 갖고 있으며 중독성이 없는데, 그는 이 열매로 신약을 개발하려 한다. 또한 다코 회장은 연구원들에게 킹콩의 존재 여부 또한 알아올 것을 부탁한다.파로 섬에 도착한 사쿠라이와 후루에는 킹콩을 발견하고, 소마 열매로 킹콩을 마취시켜 일본으로 데려온다. 한편 7년 전 빙하에 갇혔던 고질라가 깨어나고 바다를 건너 일본에 출몰한다. 일본으로 끌려온 킹콩도 탈출하는데 성공하여 마침내 두 괴물이 격돌하게 되는데...

프랑켄슈타인박사의 아들 울프 프랑켄슈타인이 다시 마을로 돌아왔다. 마을 사람들의 미움과 크로경위의 감시를 받으면 새로운 마을 생활에 적응하던 프랑켄슈타인 가족. 그러나 아버지의 조수 이고의 꾀임에 넘어가 다시 괴물을 살려내고만 울프 프랑켄슈타인남작 덕분에 온 마을에 다시 살인의 어두운 그림자가 드리우기 시작하는데...

디스커버리호 사고로부터 9년이 지난 2010년. 사건 당시 계획 책임자였고 미국 우주 비행학회 의장을 지낸 플로이드 박사(Heywood Floyd: 로이 샤이더 분)는 냉전 상태에 있는 미국과 소련 정부를 설득해서 하나의 모험을 시도한다. 자신을 비롯 HAL올 만든 챈드러 박사(R. Chandra: 봅 바라반 분), 디스커버리호의 재생훈련을 받은 엔지니어 등 3명의 미국인이 목성탐사를 떠나는 소련의 우주선 네오노프호에 동승한다.긴장감이 흐르는 가운데 목성의 위성인 에우로버근처를 통과할 때 무인 탐사기가 생명체를 발견한 직후, 미지의 힘에의해 박살된다.

원숭이가 지배하는 지구의 미래 모습을 알고 있는 코넬리우스(로디 맥도웰)와 지라(킴 헌터)는 인간들에게 이 사실을 알려주기 위해 시간을 돌려 현재로 온다. 사람들은 원숭이 종인 줄만 알고 그들을 동물 보호소에 가두어둔다. 처음엔 신분을 드러내지 않았던 그들은 우연찮게 말을 하게 되고 그것을 보게 된 사람들은 그들이 예사롭지 않다는 것을 인정, 증언대에 세우게 된다. 코넬리우스와 지라는 그들이 미래에서 왔으며 미래에서는 그들이 인간들을 지배한다는 충격적인 발언을 한다. 이 광경이 TV로 전세계에 방영되자 이들을 우습게 보던 사람들은 극진한 대접을 하기 시작하는데...

프랑켄슈타인의 세포에서 태어난 인간형 바다 짐승 가이라가 도쿄의 해안을 공격한다. 일본군이 행동을 취할 준비를 하는 동안, 가이라의 가르간투아 형제인 산다는 그의 친척을 지키기 위해 산에서 내려온다. 선과 악의 싸움이 이어지며, 형제들은 분열되고 도시는 폐허가 된다.

모스라가 사는 인펀트섬을 점령한 테러리스트들, 일명 '붉은 대나무'는 이곳을 기지로 삼고 주민들을 강제로 일을 시킨다. 바다에는 에비라랍스터가 지키고 있어서 탈출은 불가피하다. 그때 주인공 일행이 동굴에서 고지라를 발견하고 고지라 머리에 칼을 올려놓고 고지라를 깨운다 깨어난 고지라는 테러 리스트들의 기지를 파괴하고 에비라와 한판 뜬다. 그때 모스라가 돌아오고 고지라랑 협공해 에비라를 해치운다.

1955년에 개봉된 고지라 시리즈의 두번째 작품. 1954년에 개봉한 고지라가 대히트를 치게 되자 당연히 후속작에 대한 이야기가 나오게 되었다. 그러던중 칸사이의 스폰서가 강력하게 요구한 탓으로 두번째 작품의 배경은 오사카로 옮겨가게 되었다. 무려 3개월 만에(!) 뚝딱 해치운 이 영화는 츠부라야 에이지가 특촬감독으로 단독 기명된 최초의 작품이기도 하다. 이전 작품에는 고지라만 등장했으나, 이 영화에선 최초로 고지라와 맞서는 상대편 괴수가 등장한다. 안기라스[3]가 그 첫 타자로서 고지라와 오사카성에서 대혈투를 벌인다.

수명이 다 된 크립톤(Krypton) 행성의 한 과학자가 자신의 아들을 우주선에 태워 지구로 보냈다. 소년은 어느 친절한 농부 부부에 의해 성장해 지구를 지키는 위대한 수호자 슈퍼맨이 되지만... 천문학자들이 고향 행성을 발견했단 소식을 듣자 슈퍼맨은 사라지게 된다. 오래 전 사라져버린 크립톤 행성에서 태어나 캔자스의 한 농장에서 성장한 슈퍼맨. 소년 칼은 클라크 켄트라는 새 이름으로 평범하게 성장했지만 남다른 점이 있다. 보통 사람들이 상상 속에서나 해볼 수 있는 초능력의 소유자. 평소에는 얌전하고 눈에 띄지 않는 클라크 켄트로 일상을 보내다가 전 세계가 그를 필요로 할 때면 영웅으로 몰래 변신하는 이중 생활을 해야 하는 슈퍼맨이다. 세계를 구원하던 그 슈퍼맨이 갑작스레 자취를 감춘 지 5년이란 시간이 흘렀다. 그가 사라진 후 도시에서는 범죄가 기승을 부리고, 자신의 욕망을 충족시키기 위한 수단으로 슈퍼맨의 비밀을 이용하려는 렉스 루터가 감옥에서 풀려난다. 한편, 데일리 플래닛 신문사의 간판 기자이자 슈퍼맨의 연인인 로이스 레인은 슈퍼맨이 말 없이 사라진 후 새로운 인생을 살고 있다. 심지어 '우리는 왜 더 이상 슈퍼맨을 필요로 하지 않는가?'란 제목의 에세이로 퓰리처상까지 수상했다. 그리고 혼자 다섯 살의 아들을 키우다 편집장 조카와 약혼까지 한 상태. 그렇게 세상은 영웅을 잊어가고 있었다. 그 동안 자신의 정체성을 찾기 위해 방황하던 슈퍼맨은 결국 자신의 유일한 가족, 양부모님이 있는 곳이자 사랑하는 로이스가 있는 곳, 완벽하지는 않지만 선한 사람들이 있는 지구가 자신이 진정 있어야 할 곳이라는 것을 깨닫고 지구로 돌아온다. 떠나간 사랑의 마음도 되찾아야 하고, 자신의 부재를 틈 타 기승을 부리던 악당들도 소탕해야 하는 슈퍼맨. 슈퍼맨이 돌아오자마자 렉스의 사악한 계획이 실행되려고 하는 지금, 인류는 그 어느 때보다 더 절실하게 슈퍼맨을 필요로 하고 있다.