Film opowiada historię młodego, autystycznego mężczyzny o imieniu Cho-won (Seung-woo Cho) i zaślepionej miłością do niego matki (Mi-suk Kim). Pomimo, że Cho-won przypomina wyglądem typowego 20-latka, postrzega on otaczający go świat oczami dziecka. Przepada za czekoladowymi ciasteczkami, uwielbia zebry i jest w stanie zapamiętać przypadkowe dialogi i programy telewizyjne. Zdarza mu się też tańczyć w miejscach publicznych i puszczać "bąki" w najbardziej nieodpowiednich chwilach. Wszystkie te rzeczy mogą wydawać się czarujące lub co najmniej zabawne, ale z powodu tego, że nie wie, jakimi zasadami kieruje się świat, jego zachowanie przysparza mu mnóstwo kłopotów.

Nathan Ellis to nastoletni geniusz matematyczny, który ma problemy z nawiązywaniem relacji z ludźmi, szczególnie ze swoją matką. Najlepiej odnajduje się w bezosobowym świecie liczb. Zrozumienie odnajduje u niekonwencjonalnego nauczyciela Pana Humphreysa, dzięki któremu dostaje się do reprezentacji Wielkiej Brytanii na międzynarodowej olimpiadzie matematycznej.

Martha Jane, nazywana Małą Panną Marker (Shirley Temple) zostaje u bukmachera Sorrowful Jonesa jako część przegranego zakładu, który obstawił jej ojciec w wyścigach konnych. Początkowo Sorrowful i jego kumple nie chcieli zaakceptować warunków zakładu, bo na co mogła im się przydać w interesach ta mała dziewczynka. Z czasem jednak jej zabawne usposobienie i urok osobisty przełamują wszelkie bariery i cyniczne podejście mężczyzn.

Dwunastoletni Joseph i jego autystyczna siostra Chloe, trafiają do kolejnego domu dziecka. Chłopiec jest jedyną osobą, która ma dobry wpływ na Chloe i wierzy, że jego siostra wyzdrowieje, kiedy odnajdą swoich rodziców. W poszukiwaniach pomaga psychiatra dziewczynki. Kiedy w końcu odnajdują matkę rodzeństwa, okazuje się, iż ona również choruje na autyzm i porzuciła ich z tego właśnie powodu. Mimo przeciwności, dzieci decydują się na ucieczkę z przytułku, by odnaleźć matkę.

Podczas huraganu w domu zostaje uwięziona młoda kobieta wraz ze swym chorym bratem. Wbrew pozorom to nie złych warunków pogodowych będzie musiała się lękać, lecz wielkiego tygrysa, któremu jakimś cudem udało się dostać do wnętrza mieszkania.

Matka zaginionej córki wiele miesięcy po jej zniknięciu rozpoczyna własne, coraz bardziej irracjonalne śledztwo. Czasem gra z rzeczywistością, innym razem ją podważa. Doświadczenia te wzmacniają w niej zdolność obserwacji, co w końcu doprowadza ją do postrzegania przekraczającego granicę cudu.

"Królowa chmur" nawiązuje do Dnia Matki. To nostalgiczna opowieść o nieuchronnym przemijaniu czasu, matczynej miłości, lojalności i wartościach, których nie da się kupić. Bohaterów filmu - samotną, leciwą panią i młodego mężczyznę, który z powodzeniem mógłby być jej synem, połączył ślepy los. Dzięki przypadkowemu spotkaniu obydwoje wzbogacili się o nowe doświadczenia. Ona, u kresu życiowej drogi, przeżyła coś wspaniałego, zaznała chwil radości, spełniły się jej największe marzenia. Mężczyzna odkrył nowe wartości, przekonał się, że nie zawsze liczą się w życiu pieniądze.