Une ancienne attraction de parc à thème en 3D à Sanrio Puroland. Un vaisseau spatial appelé Terre est envoyé pour enquêter sur la disparition de son homologue sur une planète pleine de monstres au-delà de notre système solaire. Une fois sur place, il repère rapidement le vaisseau abattu et est rapidement attaqué par Mothra et Rodan. Elle repère Godzilla et ouvre le feu sur lui, donnant à la Planète le temps de s'échapper.

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.

À la suite d'une vague incessante de guerres et d'une croissance démesurée de la pollution, d'énormes monstres font leur apparition. Heureusement pour l'humanité, l'EDF (Earth Defense Force), veille et emploie des unités mutantes pour combattre la nouvelle menace. Lorsque les différentes créatures gigantesques se mettent à attaquer simultanément les diverses capitales de la planète, l'EDF se retrouve soudainement impuissante face à l'énorme invasion.

Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.

L'agent du FBI Max Reed assiste au meurtre d'un chercheur de la mystérieuse société Chronos. Un étudiant trouve un appareil extraterrestre ayant appartenu au scientifique, et fusionne avec, devenant un homme en armure. Le propriétaire de l'appareil envoie ses hommes, les Zoanoids, le récupérer coûte que coûte.