Sosuke itsasora begira dagoen labar batean bizi da. Goiz batean, burua marmeladazko pote batean sartuta duen koloretako arrain batekin egingo du topo. Sosukek askatzen lagunduko dio eta elkarren arteko lilura sortuko da. Hala ere, arrainaren aitak, garai batean gizaki izan zen aztiak, berarekin itsasora itzultzera behartuko du. Ponyo koloretako arrainak haur izan nahi du eta ihes egingo du. Kaosa nagusituko da eta Ponyoren ahizpak maremoto erraldoi bihurtuko dira Sosukeren itzulera eragiteko. Ur azpiko munduaren eromenak Sosuke nahastuko du.