일본에 이상기후가 갑자기 닥쳐 1월인데도 불구하고 무더위가 이어지고 있었다. 지구뿐만 아니라 우주에서도 이상한 현상들이 일어나고 있었고, 어느 천문대에서는 이 현상을 규명하기 위해 UFO와 교신을 시도하나 이는 유성우로 밝혀진다. 천문학자들이 실망하는 사이에 지구로 여러 운석들이 떨어진다. 일본을 방문하려던 세르지나 공국(セルジナ公国)의 마아스 도오리나 사루노(マアス・ドオリナ・サルノ) 왕녀는 전용 비행기를 타고 오던 도중 누군가의 텔레파시를 받고 타고 있던 비행기에서 뛰어내린다. 그와 동시에 비행기는 갑자기 폭발한다. 한편 지구로 계속 떨어지던 유성 중에 하나가 쿠로베 댐 부근의 산 중 계곡에 떨어진다. 이곳으로 운석을 조사하기 위해 과학자들이 파견된다.

계속되는 전쟁과 환경 파괴, 핵의 발달은 지구 환경을 어지럽혀 잠들어있던 많은 괴수를 깨운다. 이에 지구방위군은 세계각지에서 특수한 신체능력을 가진 새로운 인간 "뮤턴트"를 주요전력으로 M이라는 기관을 조직하게 된다. 한편 지구에 온 외계인 X성인은 우호적인 자세였으나 점차 본색을 드러내어 잠들어있던 괴수들을 깨어내어 조종하기 시작하고, 지구방위군은 최대의 적이자 1954년 처음 그 모습을 나타낸 이후 수 차례 세계를 멸망에 빠뜨릴 뻔한 괴수의 왕 "고질라"를 부활시킨다. 50년 만에 남극 빙산 속에 결빙되어 있다 깨어난 고질라는 그 동안 쌓인 모든 것을 풀어버리겠다는 듯 무서운 기세로 수많은 괴수들을 해치워 나가기 시작하고 뮤턴트와 X성인의 대결, 그리고 고지라와 X성인에 의해 부활한 괴수들의 최후의 결전이 시작된다.

신비한 천구에서 실종된 점보트와 재회한 에메랄나 공주. 하지만 점보트는 에메랄나 공주에게 칼날을 겨누고 만다. 한편 제로들도 정크킬러의 맹공격에 막혀 꼼짝도 못하고 있었다, 꼼짝도 못하고 있었다. 상처 입은 리트라를 보호하며 점보트가 휘두르는 배틀액스 앞에 서 있는 에메랄나 공주. "그만해", 공주의 목소리에 움직임을 멈춘 점보트. 그리고 그것을 따라하는 듯, 왠지 모르게 정킬러의 움직임마저도 잠시 멈칫하지만, 즉시 기능을 회복하고 어디론가 날아가 버린다. 어디론가 날아가 버린다. 에메랄나 공주의 안내로 점보트 내부에 잠입한 레이와 휴가는 그곳에서 로봇들을 조종하는 수수께끼의 천구 수호자 '비트스타'의 존재와 정크킬러가 점보트의 데이터를 기반으로 비트스타가 만든 로봇이라는 사실을 알게 된다. 비트스타는 왜 로봇들의 유기 생명체 말살을 계획하고 있는 것일까? 시시각각 브람 행성으로 다가오는 천구. 행성 충돌이 임박한 가운데, 얼티밋 포스 제로 앞에 다시 한 번 정킬러가 등장한다! 무자비한 공격 앞에 마침내 에메랄나 공주는....