قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.
در سال ۲۰۰۰ طی یک تمرین نظامی، دو انفجار در زیردریایی K-141 Kursk به وقوع پیوست. درحالیکه ملوانان حاضر در این زیردریایی تمام تلاش خود را برای زنده ماندن به کار می‌گرفتند، خانواده‌هایشان ناامیدانه سعی می‌کردند که بر موانع سیاسی غلبه کنند و جان عزیزانشان را نجات دهند و…