Дзеянні фільма разгортваюцца пасля таго, як хлопцам удалося пакінуць лабірынт. На наступную раніцу юнакі аказваюцца ў зусім іншым свеце. Уся планета апусцела, пад пякучым сонцам нічога не расце, чалавецтва на мяжы вымірання цераз пастаянных ўспышкі захворванняў. Кожнаму з герояў зноў адводзіцца пэўная роля і Томас раптам становіцца лідэрам. Тэрэза цяпер належыць да іншай групе і ўсім героям трэба будзе прайсці цераз праверку на трываласць сваіх адносін.