Em 1879, Kenshin e os seus aliados enfrentam o seu mais difícil desafio até à data: a vingança de Enishi Yukishiro, o seu antigo cunhado, e os sequazes dele.

Antes de ser um protetor, Kenshin era um temível assassino conhecido como Battosai. Contudo, quando conheceu a amável Tomoe Yukishiro, a sua história começou a mudar.

Kenshin vive tranquilamente com Kaoru e seus amigos, mas é chamado pelo Imperador do Governo Meiji. Dez anos atrás, Shishio Makoto, um ex-assassino tal como Kenshin, havia sido traído, incendiado e deixado para morrer na Batalha de Toba-Fushimi. Ele sobreviveu e vai para Kyoto e se reúne com seus guerreiros numa conspiração para derrubar o novo governo. Contra a vontade de Kaoru, Kenshin aceita relutantemente ir até Kyoto para ajudar a evitar que o país entre em uma guerra civil.

Kenshin Himura era um samurai que trabalhava a serviço do Império, mas com o fim do xogunato e instauração do Governo Meiji, ele faz a promessa de nunca mais voltar a matar. Quando ele se vê envolvido com uma série de assassinatos e negócios ilícitos relacionados a comercialização de ópio, seu compromisso é posto a prova, assim como a vida das pessoas que ele ama.

Conta sobre os momentos finais de Hijikata Toshizou, vice-comandante do Shinsengumi(unidade policial que serviu ao xogunato), que lutou até o fim para manter o Xogunato durante a revolução Meiji. Através das lembranças de Toshizou, vemos o que aconteceu após a morte de seus amigos, seus temores, sua coragem, sua decepção com aqueles que ele confiava e seus objectivos. Ele nos mostra o espírito inabalável de um samurai, mesmo quando a guerra aproxima-se de sua conclusão inevitável e seus amigos caem um a um.