Tarina alkaa yksityisetsivä Harry Goodmanin mystisestä katoamisesta. Hänen 21-vuotias poikansa Tim lähtee selvittämään tapahtumia apunaan Harryn entinen Pokémon-työpari, suloinen ja hulvaton vitsiniekka, etsivä Pikachu. Huomattuaan heidän ainutlaatuisen kykynsä ymmärtää toisiaan he lähtevät huimaan seikkailuun selvittääkseen mysteerin. Yhdessä he etsivät vihjeitä neonvalojen alla sykkivässä modernissa metropolissa, Ryme Cityssä, jossa ihmiset ja Pokémonit elävät rinnakkain. Matkansa varrella he tapaavat monenlaisia Pokémoneja ja saavat selville katalan juonen, joka uhkaa tuhota rauhallisen yhteiselon ja koko Pokémon-universumin.
Yhdeksän kertaa, yhdeksän sukupolven aikana ilkeä velho Shang Tsung on pitänyt huolen siitä, että kauhistuttava nelikätinen olento, Goro, on voittanut ihmisen taistelussa elämästä ja kuolemasta. Nyt kymmenes yhteenotto, Mortal Kombat, lähestyy. Jos pahat voimat myöskin tällä kertaa saavuttavat voiton, tulee Shang ottamaan ikuisiksi ajoiksi maapallon ja sen ihmiset hallintaansa.