אש הוא מאמן פוקימונים צעיר מהעיר פאלט, וכשהוא מגיע לגיל 10, הוא מקבל את הפוקימון הראשון שלו – פיקאצ'ו ויחד הם פוגשים את הפוקימון האגדי הו-הו, שמוסר לאש את נוצת הקשת בענן. בהמשך המסע שלו, אש פוגש את וריטי וסורל, שני מאמני פוקימונים צעירים, אשר מנסים ללכוד את הפוקימון האגדי אנטיי. הם מתחברים יחד ויוצאים למסע משותף אל עבר קצה הקשת בענן. במהלך הדרך הם פוגשים את שאר הכלבים האגדיים סוויקון וראיקו.
מתאגרף ה-MMA קול יאנג מחפש את הלוחמים הגדולים עלי אדמות כדי להילחם מול האויבים המסוכנים של האאוט-וורלד בתחרות שתשפיע על העולם.
לפני עשרים שנה, אדם בשם גרינגס קודאי מצא קפסולת זמן אשר במגע איתה, נתנה לו את הכוחות לראות את העתיד. מהלך זה, שאמור להיות שמור להתחדשות של הפוקימון האגדי סלבי, יצר אנרגיה נגדית אשר מחקה את הטבע מעל פני העיר קראון. כתוצאה מכך, קודאי השתמש בכוחות קריאת העתיד שלו על מנת להציב את עצמו כנשיא רשת התקשורת של העיר. בימינו, אש, דון וברוק מתקדמים לעבר גביע העולם בפוקימון, כאשר בדרך הם פוגשים את זורואה, פוקימון האשליה, שמחפש את המימה שלו. לאחר שהם מצילים אותו מתקיפה של כמה פוקימונים, הם מחליטים לעזור לו במשימה. בזמן הזה הפוקימון האגדי סלבי מגיע לעיר קראון בפעם הראשונה מזה עשרים שנה ומתחיל להפריח את הצמחייה באיזור. בזמן שזה קורה, קודאי מבצע את אחת התוכניות שלו, כאשר הוא שולח את אמן האשליות – זורוארק למשימה להתחזות לשלושת הכלבים האגדיים, סויקון, אנטי וראיקו, ולנטוע הרס של ממש בעיר. זורוארק שחושד שקודאי לכד את זורואה, מבצע את המוטל עליו.
לא עובר זמן רב לפני ששלוותו של מיוטו מופרת וג'יאובני, בעזרת הסוכנת 009 דומינו, מגלה את מקום הימצאו. הפעם ג'יאובני נחוש ללכוד את מיוטו ולהשתמש בו כדי לשלוט בעולם. במחבואו של מיוטו, שנמצא אי שם במרחבי ג'וטו, מקום שבו המים צלולים כבדולח ומסוגלים לרפא כל מחלה ופצע, ניטש הקרב הסופי על גורל המשובטים. כשם שג'יאובני מצא את מקום מחבואו של מיוטו, גם כך אש וחבריו למסע ברוק ומיסטי, התנגשות זו משאירה את גורלו של מיוטו בידי אש.
הסאגה השנייה בטרילוגיה של "פנינה ויהלום" ממשיכה כאשר הפוקימון האגדי גיראטינה מנסה להחזיר את העולם הנגדי לקדמותו באמצעות תפיסת הפוקימון דיאלגה. מסתבר שכאשר הפוקימונים דיאלגה ופאלקיה נלחמו בעיר אלאמוס במהלך הסרט העשירי, הם יצרו הרס רב בעולם הנגדי. אך סדר הדברים משתבש כאשר שיימין נכנס לתמונה, חושב שגיראטינה מנסה לאכול אותו ומאפשר לדילאגה לברוח
סמלת ארטמיס היא מפקדת היוצאת עם חייליה לחיפוש אחרי יחידת חיילים אחרת מפלוגתם, יחידה שנעלמה במדבר בנסיבות מיסתוריות. שם היא וחייליה נתקלים במימד אחר - בו הם נקלעים לקרב חסר סיכוי מול מפלצות ענק קטלניות, ועם הזמן היא תפגוש בני אנוש נוספים שאיתם היא תמצא את דרכה החוצה, בחזרה לעולמנו.
ג'קס הנודע וסוניה בלייד - צמד השוטרים אשר לוכדים את סקורפיון ומביאים אותו לחקירה. הם מסבירים לו על האירועים האחרונים שקרו בכל הקשור לטורניר המסתורי שמתקיים אי שם בעולם. הם מציגים לו תמונות ומשחזרים לו את הרצח של ג'וני קייג'. סקורפיון מקבל עוד מידע על ריפטייל (זיקית) שנמצא איפשהו בדירה, וכשהוא רעב הוא פשוט אוכל גופות שחטף. המכנה המשותף לאירועים הוא שהדמויות שהוצגו (ריפטייל ובראקה) ישתתפו בטורניר "מורטל קומבט" עם עוד רבים אחרים. השוטרים רוצים שהוא ילכוד בשבילם את שאנג טסונג, ומפתים אותו בעזרת הוכחות חותכות בכך שסאב-זירו ,אויבו המושבע, אינו מת כפי שחשב. האויב הנצחי הולך להשתתתף באותו טורניר. תמורתו תיהיה הריגת סאב זירו בידיו אחת ולתמיד.