Il film conclusivo della serie animata Gintama, adattando i capitoli finali dell'omonima serie a fumetti di Hideaki Sorachi. Il film copre i capitoli 699-704 dei fumetti originali, con l'aggiunta di materiale originale.

Hodaka è uno studente delle superiori che decide di scappare di casa e da una remota isola si trasferisce a Tokyo. In città inizialmente fa fatica a mantenersi perché non è in grado di lavorare legalmente a causa del suo status di minorenne in fuga, ma finalmente trova un lavoro come scrittore per una piccola rivista sull'occulto. Dopo aver iniziato il suo lavoro, il tempo diventa sempre più piovoso giorno dopo giorno. In un angolo della città affollata e frenetica, Hodaka incontra una ragazza di nome Hina. Costretti dalle circostanze, Hina e il fratello minore vivono insieme, anche se accettano la situazione allegramente. Hina ha anche un potere: è in grado di fermare la pioggia e schiarire il cielo.

Durante l'Expo dei Pirati, una manifestazione "fatta dai pirati per i pirati", si riuniscono i pirati di tutti il mondo. Tra questi, vi sono di certo alcuni di quelli che vengono ritenuti tra i più pericolosi. La Ciurma di Cappello di Paglia non può fare a meno di unirsi a loro per mettersi sulle tracce di un tesoro a lungo perduto e appartenuto nient'altro che a Gol D. Roger.

Marona, alla fine dei suoi giorni da cane, riflette su quelli momenti che ha amato incondizionatamente. Dai suoi giorni da cucciolo, fino all'ultima avventura. La vita di Marona è una lezione d'amore.

Uta: la cantante più amata al mondo. La sua voce, con cui canta nascondendo la sua vera identità, è stata descritta come "ultraterrena". Apparirà in pubblico per la prima volta in un concerto dal vivo. I fan di Uta, insieme a pirati eccitati, alla Marina che osserva da vicino e alla Ciurma di Cappello di Paglia che è semplicemente venuta per godersi la sua performance, si riuniscono per ascoltare la voce che il mondo intero stava aspettando. La storia inizia con il fatto scioccante che lei è la "figlia di Shanks". Uta sale sul palco, con il solito desiderio di "Rendere felice il mondo con la mia musica". C'è Gordon, un personaggio misterioso che conosce il passato di Uta e intravede l'ombra di Shanks. Su Elegia, l'isola della musica, Luffy e Uta si riuniscono per la prima volta dall'ultima volta che si sono incontrati 12 anni fa nel Villaggio di Foosha.

In questo elseworld ambientato nei fantastici anni ’70 ritroveremo Bruce Wayne mentre si allena con un venerabile sensei. Qui Bruce, insieme ad altri selezionatissimi studenti, viene iniziato alle arti marziali. Il legame formatosi fra questi studenti verrà messo a dura prova da una pericolosa minaccia proveniente dal passato. Ci sarà bisogno degli sforzi combinati di Batman, del rinomato esperto di arti marziali Richard Dragon, di Ben Turner, di Lady Shiva e del loro mentore O-Sensei per sconfiggere questa minaccia!

Harry Sanborn, playboy impenitente, continua a fare la corte a donne più giovani. Harry ha un malore durante un weekend passato con la sua nuova fiamma, Marin, a casa della madre di lei, e tocca proprio alla riluttante Erica, scrittrice di successo, accudirlo nella convalescenza. Harry si innamora di Erica, ma deve fare i conti col suo giovane ed attraente dottore, anch'egli invaghito della bella signora.

Per Ben Gates (Nicolas Cage), la Storia non è solo un'arida serie di dati di quello che è avvenuto in un passato distante e pressoché dimenticato. Per lui, la Storia è viva e occasionalmente offre la possibilità di trovare dei tesori straordinari. Dopo la sua stupefacente scoperta delle ricchezze dei Cavalieri templari, Ben è diventato il cacciatore di tesori più famoso al mondo, anche se lui preferisce il termine "protettore di tesori". In questa nuova avventura, Ben e suo padre, il professore universitario Patrick Gates (Jon Voight), vengono sconvolti dalla scoperta di una delle pagine perdute del diario di John Wilkes Booth, l'assassino di Lincoln. Il diario è stato trovato sul corpo di Booth quando quest'ultimo è stato ucciso, ma diverse pagine sono state strappate e non sono mai state trovate... fino ad ora.

Yamakasi è il nome di una banda di (sette) samurai metropolitani che si arrampicano su palazzi, ponti e monumenti di tutta la città durante le prime ore del mattino. Baseball è un lanciatore eccezionale, Araignée, con l'aiuto di un cavo, si sposta come un eroe dei fumetti, Belette è una vera anguilla, Zicmu attinge la propria energia dalla musica, Rocket è veloce come un razzo. Per i giovani della città, Yamakasi è una leggenda metropolitama, ma altri cittadini li scambiano per comuni delinquenti. Sarà una drammatica emergenza - l'infarto di un loro piccolo fan, che necessita di un trapianto di cuore - a renderli contemporaneamente ladri ed eroi...

A causa di un incidente di laboratorio, un beagle di nome Shoeshine acquista dei superpoteri, tra cui la facoltà di volare e di parlare. Adottato da una guardia con un figlio di dodici anni, Jack, Shoeshine decide di usare le proprie doti per proteggere la città dal crudele Simon Barsinister. Insieme a Jack, l'unico a conoscere il suo segreto, il coraggioso eroe vivrà straordinarie avventure e si innamorerà anche di una bella cagnolina...