يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
في مدينة مستقبلية منقسمة بحدة بين الطبقة العاملة ومخططي المدينة ، يقع ابن العقل المدبر للمدينة في حب نبي من الطبقة العاملة يتنبأ بمجيء المنقذ للتوسط في خلافاتهم.
تعثر البشرية على جسم غامض مدفون تحت سطح القمر وتنطلق للعثور على أصوله بمساعدة HAL 9000 ، الكمبيوتر الخارق الأكثر تقدمًا في العالم.
عام 2035. بعد بلاء الفيروس الذي يدمر الأرض ويقتل الملايين من الناس ، يلجأ الناجون إلى مجتمعات تحت الأرض ، رطبة وباردة. يتطوع السجين جيمس كول للسفر إلى الماضي والحصول على عينة من الفيروس ، وبفضله سيتمكن العلماء من تطوير علاج. خلال الرحلة يلتقي بطبيبة نفسية جميلة ومريض نفسي استثنائي. سيحاول كول العثور على "جيش القرود الاثني عشر" ، وهي مجموعة متطرفة مرتبطة بالمرض.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).