La Seele organise un assaut général contre la NERV pour détruire les Eva avant que Gendō déclenche le Troisième impact et prenne le contrôle du Projet de complémentarité.
Après une série de tribulations, un vagabond s'introduit dans la tour d'un maître alchimiste. Ce dernier lui fait parcourir les premières étapes d'une initiation, puis lui présente sept personnes qui font partie des puissants de ce monde. Chacune d'entre elle est associée à une planète, au sens astrologique. Ces hommes et ces femmes sont prêts à tout abandonner pour obtenir le secret de l'immortalité. Le maître leur promet de les conduire jusqu'aux neuf sages qui le détiennent, au sommet de la Montagne sacrée.
Albert et ses hommes, de sinistres malfrats, sont les habitués du « Hollandais », un restaurant huppé tenu par Richard, un cuisinier français. Un soir, Georgina, l'épouse de l'odieux gangster, remarque un client solitaire et taciturne qui mange, le nez plongé dans ses livres. Fascinée, elle ne tarde pas à se donner à lui. L'homme est en réalité un libraire. Bénéficiant de la complicité du cuisinier, les deux amants trouvent régulièrement refuge dans les toilettes, les réserves ou encore la cuisine du restaurant. Lorsqu'Albert découvre enfin l'infidélité de Georgina, il entre dans une rage folle. Sa réaction est d'une rare violence…
Tandis que la peste et la stérilité frappent la population de Mâcon, une vieille femme difforme met au monde un bébé magnifique et en parfaite santé. La sœur de l'enfant, jeune fille belle et ambitieuse, avide de gloire et de richesse, y voit le moyen de faire fortune.
L'ambition et son pouvoir sont au centre de Cremaster 3. L'action se déroule dans le Chrysler Building à New York, dans les années 1929-1930, au moment de sa construction. Matthew Barney superpose l'architecture du building au rite d'initiation des francs-maçons. Chez ces derniers, la progression se fait en trois grandes étapes (apprenti / compagnon / maître) et est marquée par une série d'épreuves. Seule une volonté inflexible permet d'accéder de la base au plus haut niveau et d'atteindre la perfection qui rapproche de Dieu. Cremaster 3 s'ouvre et se clôt par la légende celte de la formation des îles de la mer d'Irlande. Deux géants irlandais et un Ecossais vont s'affronter. Le plus petit d'entre eux a recours à la ruse pour l'emporter.
Deux histoires apparemment indépendantes se superposent. La première s'inspire du roman de Norman Mailer, Le Chant du bourreau, fondée sur un fait divers. Gary Gilmore, fils de mormons établis dans l'Utah, a été exécuté après avoir assassiné un jeune pompiste. La seconde histoire met en scène le magicien d'origine hongroise Harry Houdini célèbre pour ses numéros de métamorphose. Le lien entre ces deux histoires serait d'ordre généalogique : Harry Houdini serait en effet le grand-père de Gary Gilmore.
Cinq cow-boys solitaires obtiennent tout chaud et dérangé à la maison en la plage après avoir affronté Ramona Alvarez et sa nourrice.