V Japonsku 17. storočia zavládol konečne čas mieru. Táto situácia so sebou ale nesie aj nárast počtu roninov - samurajov bez pána, ktorí sa často bez peňazí túlajú krajinou a pokúšajú sa obhájiť ich životný štýl. Rovnako prichádza aj k tomu, že sa na prahoch domov samurajských klanov, ktoré doteraz prosperovali, občas objaví aj zúfalý ronin a žiada o poskytnutie pomoci pri spáchaní rituálnej samovraždy - seppuku. Častokrát však v kútiku duše dúfa, že sa nad ním pán domu zľutuje a miesto požadovanej smrti mu ponúkne nádej na lepší život. A niektoré klany už podobné situácie začínajú unavovať...

Japonské súostrovie, o dvadsať rokov v budúcnosti. Psia chrípka dosiahla epidemických rozmerov, jej ohnisko leží v meste Megasaki. Hrozí, že preskočí z psích nositeľov na človeka. Starosta Kobayashi vyzýva k okamžitej karanténe. Teda k vyhosteniu a izolácii všetkých túlavých aj domácich psov. Oficiálnym dekrétom sa psov exilovou kolóniou stáva neďaleký ostrov slúžiaci zatiaľ ako skládka odpadkov. Stáva sa z neho Psí ostrov. O šesť mesiacov neskôr na tejto opustenej skládke núdzovo pristáva jednomotorový, miniatúrne lietadlo Junior-Turbo Prop. Svorka piatich hladných a divokých psov v jeho troskách objaví dvanásťročného pilota. Je to Atari, sirota, ktorá je v pestúnskej opatere práve u starostu Kobayashi. Atari s pomocou svojich nových psích priateľov začne hľadať svojho strateného psa Flíčka a pri tom postupne odhalí konšpiráciu, ktorej cieľom je likvidácia všetkých psov z mesta Megasaki.