Tijekom Hladnoga rata sovjetski agenti motre profesora Jonesa kad mu mladi čovjek donese kodiranu poruku od ostarjelog i poludjelog kolege Henryja Oxleyja. Vođeni sjajnom Irinom Spalko, Sovjeti prate Jonesa i mladića Mutta u Peru. Uz pomoć Oxleyjeve poruke pronalaze legendarnu lubanju napravljenu od jednoga komada kvarca. Ako Jones uspije donijeti lubanju na pravo mjesto, sve će biti dobro, ali ako je Irina vrati na izvorište, dobit će moći koje bi mogle ugroziti Zapad.