يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
تم إخراج بورن من مخبأه مرة أخرى بواسطة المراسل سيمون روس الذي يحاول الكشف عن عملية Blackbriar ، وهي ترقية لمشروع Treadstone ، في سلسلة من الأعمدة الصحفية. تثير المعلومات الواردة من المراسل مجموعة جديدة من الذكريات ، ويجب على بورن أخيرًا الكشف عن ماضيه المظلم بينما يتفادى أفضل جهود الشركة للقضاء عليه.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
خلال الأسابيع الأخيرة من السباق الرئاسي ، يتهم الرئيس بسوء السلوك الجنسي. لإلهاء الجمهور حتى الانتخابات ، يستعين مستشار الرئيس بمنتج هوليوود لمساعدته في شن حرب وهمية.
بعد التخطيط لتنفيذ إحدى المهام، يرسل (جيم فيليبس) مع زوجته (كلير) وشريكه (إيثان هانت) إلى مدينة (براغ)، وتفشل المهمة ولا ينجو سوى (إيثان هانت)، ويبدأ مدير الوكالة بالشك في (إيثان) بأنه السبب الرئيسي لفشل هذه المهمة، فيحاول إثبات براءته بمختلف الطرق والأساليب الممكنة واكتشاف المتورط الحقيقي.
حين يكشف عميل غامض في الاستخبارات المركزية أسرارًا مدمّرة عن الوكالة، يطارده عميل مارق مضطرب اجتماعيًّا حول العالم، راصدًا مكافأة لمن يقتله.
عندما يقع نظام أقمار صناعية قوي في أيدي أليك تريفيليان ، AKA Agent 006 ، الحليف السابق الذي تحول إلى عدو ، فقط جيمس بوند يمكنه إنقاذ العالم من سلاح فضائي رائع يمكن - في نبضة واحدة قصيرة - تدمير الأرض ! في الوقت الذي يقاتل فيه بوند مواطنته السابقة ، يقاتل أيضًا حليف تريفيليان المذهل ، زينيا أوناتوب ، قاتلة تستخدم المتعة كسلاحها النهائي.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يتقاعد العميل (إيثان هانت) من عمليات التدريب، لكن يُطلب منه العودة للعمل مرة أخرى لمواجهة تاجر سلاح ومعلومات دولية، يقوم (إيثان) بإعادة لم شمل فريقه بهدف تنفيذ مهمة جديدة، وتتعرض زوجته للخطر أثناء تنفيذ العملية، ويُضطر إيثان لتمديد وقت المهمة بهدف إنقاذ زوجته.
تدور أحداث القصة حول سرقة فيروس مميت يُدعى (كميرا) والمصل الخاص به، يتعين على العميل (إيثان هانت) منع انتشار الفيروس، والذي يؤدي للوفاة في حالة الإصابة به خلال ساعات معدودة، يكون على إيثان أن يسترجع مصل الفيروس من (شين آمبروز) الذي ينوي بيع المصل المضاد لمجموعة من الإرهابيين للحصول على الأموال الطائلة بعد نشر الفيروس في العالم كله، يستعين إيثان باللصة المحترفة (نياه) لمساعدته في استرجاع المصل والفيروس، إلا أنه سرعان ما يقع في حبها، يسعى إيثان لإنقاذ حبيبته من موت محتم بعد أن تصاب بالفيروس، في الوقت الذي يتوجب عليه إفشال مخطط نشر الفيروس.