V magickom prostredí lesov a potokov Montany vyrastajú dvaja odlišný bratia pod prísnou výchovou svojho otca - presbyteriánskeho duchovného. Ich otec ich od malička vedie k láske k rybolovu a literatúre. Zatiaľ čo starší sa snaží napĺňať predstavy svojho otca, no zostáva iba priemerným spisovateľom a rybárom, mladšiemu rebelantovi neunikne žiadna ryba. Každý je celkom inej povahy, ale rieku milujú obaja rovnako. Nikto nevie, čo sa stane a ani po tom nikto netúži. Podstatné je to, že sú si schopní kedykoľvek pomôcť.

Mladí manželia Mária (Keisha Castle-Hughes) a Jozef (Oscar Isaac) sú na nebezpečnej ceste zo svojej domoviny Nazaretu do Jozefovho rodiska Betlehema, aby sa pri sčítaní ľudu, nariadenom kráľom Herodesom (Ciarán Hinds), dali zapísať. Cesta dlhá viac než 150 kilometrov vedie nehostinnými pustinami a je pre oboch o to ťažšia, že Mária je už v deviatom mesiaci tehotenstva...

Syn Boží je prerozprávanie Nového zákona, prevažne putovanie Božieho syna Ježiša Krista a jeho učeníkov, od panenského počatia panny Márie, Ježišových prvých zázrakov a získavanie tisícov nasledovníkov, až po Spasiteľovo ukrižovanie, následné zmŕtvychvstanie a zakladanie kresťanskej cirkvi Pavlom z Tarzu...

Ježišovi sa sníva sen o stredovekej bitke, v ktorej vojaci vykrikujú jeho meno. Ježiš sa prebudí a nechápe, čo mal ten sen znamenať. Veď on je len obyčajný tesár - tak ako jeho otec. Spolu si hľadajú prácu. Časy sú ťažké. Aj Jozef sa celý znepokojený sám seba pýta, kedy už bude koniec utrpenia jeho národa. Je netrpezlivý: Kedy už začne Ježiš konať? Odkedy sa narodil, nezjavilo sa už žiadne znamenie. Lenže Jozefova náhla smrť zmení Ježišov život. Vie, že sa musí vydať na cestu - tvrdí, že svoj život nežije len sám pre seba. Stáva sa vyvoleným, stáva sa mesiášom, stáva sa tým, ktorý dokáže zmeniť vodu na víno.