צוות קומנדו במשימה בג'ונגל במרכז אמריקה, מוצא את עצמו ניצוד על ידי לוחם.
ארגון סודי בשם "גברים בשחור" שמטרתו להגן על תושבי כדור הארץ מחייזרים המגיעים לכדור הארץ ולהסתיר את זהותם מקבל איום על המין האנושי בידי זן של חרקים מפותחים. כדי למנוע את השתלטותם של חייזרים אלה מגויס שוטר צעיר לארגון להיות שותף של אחד מותיקי הארגון. עכשיו בתור הגברים בשחור המכונים "ג'יי" ו-"קיי" עליהם להגן על כדור הארץ ולהשמיד את החייזר ובאותו זמן לשמור על זהותם החשאית.
צי חלליות מהחלל החיצון מאיים להשמיד את כדור הארץ - ערים שלמות ברחבי העולם הופכות לתילי הריסות תחת מטר קרני הלייזר הקטלניות של הפולשים. נשיא ארה"ב מוביל את נציגי כל העולם לנסיונות כושלים להתמודד עם צבא יום הדין שמכלה את הפלנטה. קפטן הילר הופך למוביל צבא החלליות במשימה המסוכנת לחדור אל חללית האם של החוצנים ולהציל את העולם. סרט פעולה עטור סצנות בלתי נשכחות של פיצוץ בירות העולם אחת אחרי השנייה.
סיפור עתידני על מלחמה על עתיד האנושות, כפי שהוא מסופר מעיניה של משפחה אמריקאית ממעמד הפועלים, שחייה השגרתיים והקטנים נקטעים כאשר חייזרים מעולם אחר פולשים לכדור הארץ ובעזרת נשק מתקדם מתחילים לחסל את כול מי שעומד בדרכם.
בזמן תקופת ימי הויקינגים, נוחת אדם בשם קיינן, מעולם רחוק ומתקדם, על כדור הארץ ומביא עימו חייזר טורף. קיינן מכיר לויקינגים את הטכנולוגיה המתקדמת שלו ומנהיג קבוצת לוחמים במטרה להרוג את החייזר אשר מאיים עליהם.
לאחר שניצחנו במלחמה האמיתית את פולשי "היום השלישי", טים ברטון מביא שוב את פולשי המאדים להשתלט על הכדור שלנו. בפארודיה מדע בדיונית זו הכל מותר כדי להציל את כדור הארץ מהפולשים. ג'ק ניקולסון וצוות גדול של שחקנים מפורסמים מקריבים את עצמם למען נצחונינו הגדול על אויבינו החוצניים.
הסוכנים ג'יי וקיי מתחברים שנית כדי לעמוד מול הסכנה הקיומית הניצבת בפני כדור הארץ בדמותה המאיימת של אישה מפתה וקטלנית. עברו ארבע שנים מאז התייצבו השניים למגר אסון אינטר-גלאקטי, וקיי חזר להיות אזרח מן השורה והותיר את שותפו ג'יי לנהל את הסוכנות הסודית ביד רמה ולפעמים מקצועית עד להכעיס את המערכת כולה. במהלך חקירה שגרתית, ג'יי חושף מזימה שטנית פרידימיונה של סרלינה, יצור קילוטיאני זדוני המתחזה לדוגמנית לבני נשים, הנעזרת בסקראד/צ'רלי, יצור בעל שני ראשים שהאחד דפוק יותר מהשני. רק אדם אחד יוכל לגלות מהי משימתה של סרלינה בעולמנו: הסוכן לשעבר קיי אשר מתפקד כעת בסוכנות ממשלתית אחרת.
ווולטר ודני הם שני אחים שיעשו הכל כדי לא להסתדר האחד עם השני בדרך כלל. הם מצליחים להשעות את האיבה מספיק כדי לשחק במשחק לוח מתוחכם וישן בשם "זאתורה", אך ברגע שהם מתחילים הם מגלים כי המשחק העביר אותם, כולל הבית ואחותם גדולה, לחלל. ויותר גרוע, הם מבינים כי הדרך היחידה לחזור לכדור הארץ היא לסיים את המשחק. בכל צעד הסכנה גדלה, ובני המשפחה חייבים ללמוד לשתף פעולה בדרכים שהם מעולם לא חשבו לאפשריות.
בסאן טרופז, השוטר הצרפתי ואנשיו נלחמים בחייזרים ששותים נפט.
כדי להציל את הכוכב שלו מכליה, חייב חוצן למצוא על כדור הארץ אישה שתלד את ילדו. תושביו של כוכב מפותח אינם חשים רגשות ומסוגלים להתרבות רק על ידי שיבוט. לכן הם מתכננים לכבוש את כדור הארץ באמצעות שליחת נציג מצויד באבר מין מכני מהמהם. החוצן, הרולד אנדרסון (גארי שנדלינג שהיה בין כותבי התסריט), מגיע לפיניקס כבנקאי. חיזוריו הגמלוניים ואפילו הפין המהמהם אינם מספיקים עד שאחד מעמיתיו ממליץ לו על ביקור בפגישה של אלכוהולים אנונימיים. הרולד פוגש כך את סוזן (אנט בנינג, להיות ג'וליה) ומשכנע אותה להתחתן. אך האם היא תהרה את ילדו, והאם הילד ייוולד לפני שהרולד יתחיל לפתח רגשות ואכפתיות?
להמשך הזה יש עלילה שלא קשורה לסרטים הקודמים בכותר. בסיפור זה, חברת מסיכות ליל כל הקדושים גדולה מתכננת להרוג מליוני ילדים אמריקנים עם מסיכות קטלניות.