یک نوازنده ساكسیفونی بنام «فرد مادیسون» در آیفون خانه اش میشنود که "دیک لورنت مرده است". این پیام در ابتدا برای او بی مفهوم است. روزی همسرش بسته‌ای حاوی یک کاست ویدئو در جلو خانه پیدا می‌کند، وقتی با هم به تماشای آن مینشینند نمای بیرونی خانه خود را مبینند. آن دو حدس میزنند که فیلم را یک بنگاه معاملات ملکی فرستاده است. بعدتر فیلمی دیگر پیدا می‌کنند که اینبار علاوه بر نمای بیرون، وارد خانه شده و آنها را خوابیده در اتاق خواب نشان می‌دهد. نگران از این موضوع، به پلیس آگاهی می‌دهند. ماموران پلیس ناتوان از حل معما از آنها می خواهند ضریب امنیتی خانه را بالاتر ببرند...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.