جزیره‌ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه‌ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه‌ای کوچک بالای صخره‌ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می‌کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می‌کند که آرزو دارد انسان بشود.
ری می‌کوشد تا اختراع عظیمی که توسط پدربزرگ او انجام شده، به نام گوی بخار، در اختیار بنیاد اهریمی اوهارا قرار نگیرد اما…
بسیاری از مهندسان از سراسر جهان در تاسیسات دریایی اینترپل در سواحل مرکزی استان توکیو دور هم جمع شده‌اند تا شاهد راه‌اندازی یک سیستم جدید باشند که امکان تشخیص چهره در سراسر جهان را فراهم می‌کند. در این میان کارآگاه کونان نیز به همراه دوستانش دعوت شده تا از نهنگ‌ها‌ی این جزیره دیدن کند اما…
سه بچه به طور اتفاقی معجون ساخته دانشمندی را می‌خورند که آن‌ها را به ماهی تبدیل می‌کند. حال آن‌ها باید معجون پادزهر را طی ۴۸ ساعت پیدا کرده و بنوشند تا به حالت عادی برگردند و در غیر این صورت، برای همیشه ماهی باقی خواهند ماند...