A 16. századi japán történelmet a vissza-visszatérő polgárháborúk, a hatalomra törő klánok egymás ellen indított harcai jellemezték. Takeda Singen herceg klánja hatalma megóvása érdekében hadicselhez folyamodik: egy "árnyékharcost", vagyis "kagemusát" bérel fel és állít vezére helyébe a harcmezőkön. Ez a hasonmás egy gazfickó, akit csupán a klán urához való tökéletes hasonlósága ment meg a kivégzéstől. A kagemusa mindinkább belejön szerepébe, és a klán seregei győzelmet győzelemre halmoznak parancsnoksága alatt. A herceg fia, Kacujori azonban ezt nem nézi jó szemmel, s végül eléri, hogy elkergetik az udvartól. Ezzel azonban megkezdődik a nagy hatalmú nemzetség pusztulása: hadseregük a végső véres ütközetben megsemmisítő vereséget szenved.
A film főhőse egy kisfiú, aki már az első képsorokon menekülőben van kedvenc kutyájával. Csak sokára derül ki, miért üldözik, de a kutya hamar megsebesül, ezért (is) segítségre szorul a fiú, aki egy elhagyott szentélyben húzza meg magát. Nincs ám egyedül, egy magányos szamuráj is épp ott tanyázik, akit egy apró drágakőért cserébe felbérel a srác, hogy segítsen megmenteni a kutyát és eljutni egy biztonságos helyre. A két magányos vándor különféle kalandokba keveredik az úton, összebarátkoznak, miközben folyamatosan üldözik őket.
A Tokugawa korszak a végéhez közeledik, a sógunátus bukása már csak idő kérdése. A szamurájok kora is leáldozóban van. Kanichiro (Kiichi Nakai) is egyre nehezebben talál munkát, pedig családjáról is gondoskodnia kellene. Utolsó lehetőségként csatlakozik a Shinsengumi klánhoz, akik még hűek a sógunhoz. Kanichiro pénzéhsége ellenére rövidesen megbecsült tagja lesz a klánnak, de a történelem kerekét ő sem tudja visszafordítani, így amikor a császár sereget indít a Tokugawák ellen, neki is fel kell készülnie a végső összecsapásra.
Afrónak, miután megbecstelenítették apja sírját, útra kell kelnie, hogy visszaszerezze a maradványait. Ismét feltűnik hát a most is kellően idegesítő Ninja Ninja és ketten nekivágnak az útnak. Hogy eljuthassanak Sióhoz, újra végig kell verekedniük magukat az elsőknek sorolt harcosokon, Afrónak meg kell szereznie ehhez a második legjobb harcost illető fejpántot. Az ehhez vezető út viszont ismét véres és brutális jeleneteken vezet át.
Izo, a "gyilkológép" szamuráj összetűzésbe kerül az urával, rajtaveszít és kegyetlen halált hal. Nyugodni azonban nem tud, visszatér a túlvilágról, mert bosszút akar állni.