Fjorten år etter "Third Impact" våkner Shinji Ikari til en verden han ikke husker. Han har ikke blitt eldre. Mye av jorden er lagt i ruiner, NERV er lagt ned, og mennesker som han en gang beskyttet, har snudd seg imot han. Når han blir venn med den gåtefulle Kaworu Nagisa, fortsetter Shinji kampen mot englene og innser at kampene langt fra er over, selv når det kunne være mot hans tidligere allierte. Karakterenes kamp fortsetter midt i kampene mot englene og hverandre, og spiral ned til det som uunngåelig kan være verdens ende.

Etter å ha splittet seg med Jokeren, slår Harley Quinn seg sammen til superheltene Black Canary, Huntress og Renee Montoya for å redde en ung jente fra en ond krimherre.