تحكي القصة عن المأمور وودي الذي يتعرض للإصابة كلعبة في بداية الفيلم فيتم ركنه على الرفّ ويجد صديقة القديم المريض بسبب الركنة ولما يحاول إنقاذه من البيع كروبابيكيا يقوم أحد المتجولين في معرض الروبابيكيا بسرقة المأمور وودي لأغراض ربحية وتدور القصة بعد ذلك حول محاولة أصدقاء المأمور وودي بقيادة باز يطير لاسترجاع صديقهم وإنقاذه إلى أنهم يجدوا الكثير من المفاجآت ولكنهم يعدوا في نهاية الفيلم وقد انضم إليهم صديقين جدد.

طور الطيار المدمن على الكحول ، تيد سترايكر ، خوفًا من الطيران بسبب صدمة الحرب ، لكنه مع ذلك يصعد على متن طائرة ركاب في محاولة لجذب صديقته المضيفة. يؤدي التسمم الغذائي إلى تدمير الركاب والطاقم ، مما يترك الأمر للمهاجم للهبوط بالطائرة بمساعدة مراقب الحركة الجوية الذي يعمل على شم الغراء وقبطان القوات الجوية السابق المنتقم لـ Striker ، والذي يجب عليهما التحدث معه.

إستكمالاً لأحداث الجزء الأول، تحاول الحيوانات العودة إلى موطنها في نيويورك، ومنهم الأسد (أليكس) بعد أن تخلى عن طبيعته المفترسة، لكن تسقط الطائرة التي صنعها البطاريق في إحدى المحميات في أفريقيا، يلتقي فيها الأسد (أليكس) بعائلته، ويحاول إثبات نسبه الملكي بالصراع مع (مكونجا)، في الوقت ذاته تكون الزرافة (ميلما) هي الطبيب الساحر الجديد، في الوقت الذي تحاول فيه البطاريق صنع طائرة جديدة للعودة إلى نيويورك.

تحاول امرأة من بلدة صغيرة تحقيق هدفها في أن تصبح مضيفة طيران.