Σε ένα δυστοπικό μέλλον, ένας θανατηφόρος ιός έχει εξολοθρεύσει σχεδόν ολοκληρωτικά το ανθρώπινο είδος. Την ίδια στιγμή, ο ευφυής πίθηκος Σίζαρ έχει οργανώσει μια ευημερούσα κοινότητα σε μια δασώδη περιοχή λίγο έξω από το Σαν Φρανσίσκο. Η ξαφνική εμφάνιση μιας ένοπλης ομάδας ανθρώπων στην περιοχή που ελέγχουν οι πίθηκοι θα αλλάξει τις ισορροπίες, βάζοντας φωτιά στις σχέσεις των δύο κοινοτήτων.
Κατά τη διάρκεια μιας επιστημονικής, εξερευνητικής αποστολής την Ισλανδία, ο οραματιστής επιστήμονας Τρέβορ Άντερσον (Μπρένταν Φρέιζερ), ο ανιψιός του, Σον (Τζος Χάτσερσον) και η πανέμορφη οδηγός τους, Χάνα (Ανίτα Μπρίεμ) παγιδεύονται σε μια σπηλιά. Στην προσπάθειά τους να βγουν, οδηγούνται όλο και περισσότερο στα βάθη της Γης. Ταξιδεύοντας σε πρωτόγνωρους κόσμους, η παρέα έρχεται πρόσωπο με πρόσωπο με απίστευτα και ασύλληπτα πλάσματα - όπως ανθρωποφάγα φυτά, γιγάντια, ιπτάμενα πιράνχα, φωσφορούχα πουλιά και τρομακτικούς δεινόσαυρους από άλλες εποχές. Οι εξερευνητές πολύ σύντομα αντιλαμβάνονται ότι, δεδομένης της ολοένα αυξανόμενης ηφαιστειακής δραστηριότητας γύρω τους, πρέπει να βρουν γρήγορα τον δρόμο της επιστροφής προς την επιφάνεια της Γης, πριν να είναι πολύ αργά.
Η ηφαιστειολόγος Antoinette Vitrini και η αδελφή της προσπαθούν να σώσουν το Μαϊάμι από την έκρηξη ενός ηφαιστείου, το οποίο ενεργοποιήθηκε μετά τις παράνομες εξορύξεις πετρελαίου της Ενεργειακής Εταιρείας Holter.
Το νέο φιλμ ακολουθεί μια επιστημονική ομάδα που μεταβαίνει σε μια βυθισμένη νησιώτικη πόλη στη μέση του ωκεανού για να ερευνήσει την περιοχή όπου ζευγαρώνουν δύο κύρια είδη καρχαριών. Η ομάδα παγιδεύεται στην πλημμυρισμένη πόλη απειλούμενη από τους ευφυιείς καρχαρίες την ώρα που μυστικά σχέδια αναδύονται πίσω από την πλάτη της.
Η ομάδα G.I. Joe (Global Integrated Joint Operating Entity) παγιδεύεται και κατηγορείται για εγκλήματα κατά του κράτους. Ο πρόεδρος αναγκάζεται να τους διακόψει τη λειτουργία. Όσοι παραμένουν ελεύθεροι αντιμετωπίζουν τον Ζάρταν και τους συνεργούς του, στους οποίος συμπεριλαμβάνονται και ηγέτες κρατών.
Την ώρα που ένα καταστροφικό συμβάν σπέρνει τον πανικό στους δρόμους, ένας άνδρας ξεκινά ένα επικίνδυνο ταξίδι διασχίζοντας όλη τη χώρα για να βρει την έγκυο φίλη του.