Jerry Fletcher jest nowojorskim taksówkarzem. Alice Sutton pracuje dla rządu. Fletcher cierpi na stany lękowe i wierzy, że światem rządzi tajna organizacja. Przy okazji wydaje własny biuletyn na ten temat. Choć nikt mu nie wierzy, pewnego dnia zostaje on aresztowany przez tajne służby. Udaje mu się zbiec, ale teraz jest już pewien swoich podejrzeń, którymi dzieli się z Alice. Wkrótce oboje będą walczyć o życie...

Nauczyciele pewnej amerykańskiej szkoły średniej coraz częściej dziwnie się zachowują, stają się bezwzględni, a nawet okrutni wobec uczniów. Szczególnie bezlitosny jest trener szkolnej drużyny futbolowej, Willis. Po pewnym czasie grupa uczniów odkrywa, że za podejrzane zachowanie odpowiedzialne są istoty pozaziemskie.

Elizabeth Benton (Melanie Papalia) otrzymuje stypendium, które pozwoli jej sfinansować projekt mający na celu zbadanie zachowań użytkowników czatów internetowych. Po rozpoczęciu na jednym z kanałów w realistyczny sposób ukazane zostaje zabójstwo młodej dziewczyny. Oglądając nagrania, policja bierze to za żart i nie podejmuje dalszych działań. Elizabeth wierzy, że to co widziała na ekranie komputera wydarzyło się naprawdę. Próbując dotrzeć do prawdy, dziewczyna zauważa, że wokół niej zaczynają się dziać dziwne rzeczy.

Akcja toczy się sześć lat po poprzednim odcinku. Zostaje porwana agentka FBI Monica Bannan (Xantha Radley). W poszukiwaniach FBI pomaga ojciec, Joseph Crissman (Billy Connolly), który twierdzi, że ma wizje. Śledczy nie wierzą księdzu. Proszą o pomoc dr Danę Scully (Gillian Anderson) oraz Foxa Muldera (David Duchovny). Niechętnie, ale zgadzają się, gdyż oboje nie są już agentami. W tym samym czasie porywane są kolejne kobiety, wyselekcjonowane poprzez rzadką grupę krwi. Ojciec Joseph ma kolejną wizję, ale nikt mu nie chce wierzyć, poza Mulderem.

Ray, kombinator i pirat video oraz Gary, szeregowy urzędnik wyruszają z Londynu do Ameryki w poszukiwaniu pamiątek po Elvisie Presleyu. Jeden z kontrahentów proponuje sprzedaż filmu zawierającego autopsję obcej formy życia za "jedyne" 30,000 dolarów. W Londynie pożyczają pieniądze od geja-mafiosa-fanatyka kręgów zbożowych, i wyruszają z powrotem po film. Tuż przed pokazem dla gangstera okazuje się, że film uległ uszkodzeniu. Postanawiają więc nakręcić własną wersję autopsji obcego