Det er en helt vanlig skoledag på en helt alminnelig high-school i en helt vanlig australsk forstad. Klokken er 2.37 på ettermiddagen når en elev slepes ut fra et låst toalett med pulsåren kuttet over. Filmen skrur tiden tilbake til samme morgen, og man møter seks av skolens elever på vei til det som ser ut til å bli en helt alminnelig skoledag. Langsomt avdekkes deres hemmeligheter og konflikter, og på kryss og tvers bindes de sammen. Stykke for stykke leder handlingen frem mot avsløringen av selvmordofferets identitet.

"American Pie" følger en gruppe ungdommer gjennom et av livets mest imøtesette og ydmykende ritualer - den seksuelle debuten. Gutta prøver forskjellige, men hysteriske tilnærmingsmåter. En av dem forsøker seg på en utvekslingsstudent med katastrofalt og kringkastet resultat. Sjelden har poden vært mer forvirret og tom av selvtillit. Han vil heller aldri mer ha det samme forholdet til eplepai eller sokker...

Sam vasker gulv på en kafé, holder ut med sin onde stemor og stesøstre, og drømmer om å studere ved Princeton (det perfekte stedet for en kommende prinsesse å finne en prins). Men kanskje hun har funnet drømmeprinsen allerede: hennes anonyme nettvenn, som avtaler å møte henne på Halloween-festen. Sam får panikk når det viser seg at den mystiske mannen er den kuleste gutten på skolen. Kan han bli forelsket i en jente som ikke er med i den populære gjengen? Kan eventyr bli virkelighet? Bare hvis Sam tar skjeen i egen hånd og setter sine drømmer ut i livet.

Under en markering for japanske soldater som kjempet på amerikansk side under den andre verdenskrig møter Mr. Miyagi enken til sin gamle offiser. Han blir kjent med hennes barnebarn Julie, en sint tenåring. Hun er full av sorg og smerte etter dødulykken til hennes foreldre og har store problemer med sin bestemor og medelever. Mr. Miyagi bestemmer seg for å lære henne Karate og bringe henne tilbake på rett vei.