시간 전쟁의 마지막 날을 다루고 있다. 전쟁 한복판에서 워 닥터 (존 허트 분)가 이 모든 파멸을 끝내기 위해 달렉 종족과 자신의 종족인 타임 로드 모두를 말살하기로 결심한다. 이와 동시에 현재에서는 준군사조직 UNIT이 외계인의 침공을 막기 위해 런던 전체를 파괴하는 쪽을 택하려 한다. 닥터는 자신의 내력을 뒤집고 마음을 바꿔 달라는 클라라 오스왈드의 간청에 따르고, 시간 전쟁의 마지막 순간으로 돌아가서 전쟁으로 황폐화된 고향 행성을 없애버리지 않고 대신 시공간 속에 숨기게 된다. 그러나 이 선택으로 시간이 일그러지면서 닥터의 과거 모습들은 자신 스스로가 바꿔놓은 선택을 기억하지 못하게 된다.

"제한시간은 74시간 27분!" 일본 자위대의 비밀 실험 중, 대규모 폭발 사고가 발생하면서 ‘마토바’ 대령이 이끄는 실험 부대가 흔적도 없이 사라져 버린다. 사라진 자리에는 460년 전에서 전국시대에서 온 사무라이가 부상을 당해 쓰러져 있다. 즉 두 시공간이 바뀌어 버린 것이다. 이러한 사고가 발생한 뒤 얼마 지나지 않아 하늘에 거대한 구멍(홀)이 발생하면서 일본을 위협하기 시작한다. 실험을 이끌었던 ‘레이’는 과거로 간 ‘마토바’ 일당이 역사를 바꿔놓으면서 현재에 영향을 미치고 있는 것이라 생각하고 세상이 멸망하기 전에 과거로 돌아가서 그들을 막아야 한다고 주장한다. 문제는 마토바에게는 공략이 불가능한 “D-3 시나리오”가 있기 때문에 과거로 간다 해도 이들을 막는다는 보장이 없다. 그래서 한때 마토바의 특수부대에 소속되어 있었던 ‘카지마 유스케’를 찾아가 도움을 요청한다. 유능한 군인이었으나 지금은 작은 식당을 운영하고 있는 카지마에게 레이의 방문이 귀찮기만 하다. 이런 세상 없어져버려도 그만이라고 생각하는 ‘카지마’는 ‘레이’의 간절한 애원을 단호히 거절한다. 하지만 460년 전 전국시대에서 온 사무라이 ‘시치베’의 설득이 그의 마음을 움직이고 두번째 시간여행을 감행한다. 제한시간은 74시간 26분. 그 시간이 지나면 시공간의 진동이 원래대로 돌아와 두 번 다시 현대로 돌아올 수 없다. 주어진 시간 내에 마토바 일행을 다시 데려오는 것이 그들의 임무이다.

달빛도 닿지 않는 어둡고 빈곤한 거리. 눈에 띄는 수상한 비닐봉투를 들춰보자 그 속에서 피범벅이 된 닭한 마리가 요란하게 튀어나오고 그걸 지켜보는 소년의 등 뒤로 위험한 그림자가 소리 없이 다가온다. 찰나의 순간 모든 것이 끝나고 그림자는 유유히 사라진다. 그리고 그것을 몰래 지켜보고 있는 하나의 눈. 수년전 바퀴벌레를 통해 확산되어 아이들에게만 전염되었던 바이러스를 지니고 있는 그는 버블보이라고 불리우는 희귀한 존재였다. 그의 아파트 맞은 편에서의 일상은 그의 필름에 하나씩 기록되어 가고 있다. 어느날 마빈은 동생이 발견한 하수구 밑의 물체를 보게되고 뭔가 수상한 느낌을 받는다. 그날 밤 동생의 애인인 마약상 데스는 망원렌즈로 엿보고 있었던 마빈남매가 지켜보는 가운데 뒷골목에서 의문의 살해를 당하는데...