세컨드 임팩트의 충격으로 인류의 절반이 사라진 이 곳에 정체불명의 사도들이 다시 공격해 오기 시작한다. 특무기관 네르프 소속의 14세 파일럿들은 각자의 에반게리온을 타고 사도의 위협에 맞서 싸운다. 자신이 왜 타야 하는지도 모른 체 에반게리온을 타는 신지와 자신의 임무를 묵묵히 수행하는 레이. 그리고 에반게리온을 통해 자신의 능력을 표출하고 싶은 아스카까지! 같은 운명을 타고난 그들은 조금씩 마음을 열고 연대하기 시작한다. 그리고 사도들 시시각각 새로운 모습으로 그들에게 공격을 가해오는데...

한 아버지가 자기 아들이 남들과는 다르다는 사실을 발견하게 된다. 선입견 가득한 시선을 피하고 싶은 아버지는, 아들을 숨기며 살아왔다. 그러다 어느 날, 공공장소에서 아들의 능력이 드러났고 아버지는 아들을 외면할 것인지, 아니면 능력을 받아들이고 살아갈지에 대한 선택의 순간을 맞이한다.

네아폴리스의 간이음식점 웨이트레스인 캐롤 라인(Caroline: 마리사 토메이 분)은 쾌활한 성격에 야심만만한 생활 태도와 영득한 머리도 지닌 여인. 그녀의 일과는 음식점을 찾는 손님과의 재미있는 대화와 함께 일하는 동료인 신디(Cindy: 로지 페레즈 분)와의 수다로 가득 메워지다. 이 음식점의 또다른 식구로 아담(Adam: 크리스찬 슬레이터 분)이라는 식당 보조일을 하는 젊은이가 있는데, 그는 거의 말수가 없고 부끄러움을 무척타는 내성적인 성격의 비밀스런 남자. 아담은 남몰래 밝게 웃는 캐롤라인의 모습을 사랑하고 있었으며 그녀가 퇴근후 무사 집에 도착하는가를 확인하기 위해 몰래 그녀뒤를 밟는 세심함을 지녔다. 그러던 어느날, 캐롤라인을 식당에서 희롱하던 건달패들이 갑자기 그녀가 집에 가는 길에 나타나 강압적으로 성폭행을 하려던 긴박한 순간에. 용감무쌍한 아담이 당당히 이들을 무찌르고 캐롤라인을 구출하는데. 이 사건으로인해 캐롤라인은 아담의 진실을 알게 되었고 둘은 뜨거운 연인 사이로 발전한다. 그러나 아담에게는 태어날 때부터 안고 있었던 심각한 신체적 결함이 있었는데...